9ojv

Crystal structure of monoclonal J2 antibody bound to dsRNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 152.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ojv
沉积日期 deposition_date	2025-05-08
结构标题 title	Crystal structure of monoclonal J2 antibody bound to dsRNA
关键词 keywords	;antibody dsRNA J2 antibody double-stranded RNA Fab Fragment antigen-binding region, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex ;; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.24 Å
零角强度 I(0) i0	192674000.00
分子量 molecular_weight	103980.0 kDa
排除体积 excluded_volume	126080 Å³
包络体积 envelope_volume	181610 Å³
水化壳体积 shell_volume	38054 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.3 Å
壳层 Rg shell_rg	42.33 Å
包络 Rg envelope_rg	44.65 Å
形状 Rg shape_rg	44.28 Å
总 Rg total_rg	44.03 Å
总原子数 total_atoms	13881
残基数 n_residues	895
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.2 Å
Rg (实空间) rg_real	42.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	192500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7157
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.719
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.064
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15660000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.496; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.458; Smooth: 0.354

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	J2 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24555.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A
原子数 atom_count	13936

EVQLQQSGPELVKPGASVKMSCKASGYTFANHVMHWVKQKPGQGLEWIGYIYPYNDGTKYNEKFKGKATLTSDKSSSTAYMELSSLASEDSAVYYCARGGNPAWFAYWGQGTLVTVSAAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKISALPETGGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	J2 Fab light chain
分子量 formula_weight	24210.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,B

NIMMTQSPSSLAVSAGEKVTMSCKSSQSVLYSSNQKNYLAWYQQKPGQSPKLLIYWASTRESGVPDRFTGSGSGTDFTLTISSVQAEDLAVYYCHQYLSSYTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	RNA strand1
分子量 formula_weight	7743.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GUUGUAAAGAAGGUCAAUAUUGUA

Entity 4 polymer

描述 description	RNA strand2
分子量 formula_weight	7543.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F

AACAAUAUUGACCUUCUUUACAAC

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	26

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.391 Å
晶胞边长 b length_b	92.374 Å
晶胞边长 c length_c	194.663 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	20.640 Å
R 因子 r_factor	0.2139
R_work r_work	0.2116
R_free r_free	0.2620

fit	/app/data/saxs_computation/oj/9ojv/9ojv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oj/9ojv/9ojv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oj/9ojv/9ojv.dat

Crystal structure of monoclonal J2 antibody bound to dsRNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)