9olq

Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1_K46L_E50W_K172W_E173Y in complex state THE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 144.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9olq
沉积日期 deposition_date	2025-05-12
结构标题 title	Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1_K46L_E50W_K172W_E173Y in complex state THE
关键词 keywords	de novo protein, design model, Effector, kinetics and dynamics, Protein-protein interactions; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.19 Å
零角强度 I(0) i0	686135000.00
分子量 molecular_weight	220970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	280020 Å³
包络体积 envelope_volume	375530 Å³
水化壳体积 shell_volume	71931 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.0 Å
壳层 Rg shell_rg	48.60 Å
包络 Rg envelope_rg	42.69 Å
形状 Rg shape_rg	43.18 Å
总 Rg total_rg	43.45 Å
总原子数 total_atoms	15510
残基数 n_residues	1981
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	144.0 Å
Rg (实空间) rg_real	43.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3060e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	686200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6676
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.249
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.459
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	86540000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.032; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.892

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 H
分子量 formula_weight	29041.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J,M
原子数 atom_count	15510

MSGSMKEEIKRLAEELKEKTKNEEIKRLAEEAAELAERSDDPEVLEVVLKALWEALKSKNEEKIELLLLVAVLVAEAGSVDAVEEKLEIALLALKLAEESKDPRIIRGALRAAIAALRSDDPLALKTVKEALERARASKDERLIRAILAAAYAFALLAVAGASAERLKEAEAIVWYLIAAAEKGASPQELVLLVIEMMVKGMGVTMETHRSGNEVKVVIKGLHESQQEVLLEAVLFAAELMGVRVRIRFKGDTVTIVVREGSGMSG

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 T
分子量 formula_weight	14412.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K,N

EEAVRRRFEELLREALAFRERTGGRRETLEHAVRLARELAEFAASHPEFNRQEAVLLAIELMVRAMGVTMETHRSGNEVKVVIKGLNIDEQVALYRAVRETSKIMGVETEIEVEGDTQTIVVREGSG

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1 E
分子量 formula_weight	3091.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L,O

EERKKELAKEVIETAKKLIEKLAKEE

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	285.580 Å
晶胞边长 b length_b	96.403 Å
晶胞边长 c length_c	74.693 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.480 Å
最低分辨率 resolution_low	41.160 Å
R 因子 r_factor	0.2504
R_work r_work	0.2475
R_free r_free	0.2871

fit	/app/data/saxs_computation/ol/9olq/9olq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ol/9olq/9olq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ol/9olq/9olq.dat

Designed allosteric facilitated dissociation switch AS1_K46L_E50W_K172W_E173Y in complex state THE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)