9omn

WrtF fucosyltransferase - GDP-2-deoxy-2-fluoro-beta-L-fucose

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 82.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9omn
沉积日期 deposition_date	2025-05-14
结构标题 title	WrtF fucosyltransferase - GDP-2-deoxy-2-fluoro-beta-L-fucose
关键词 keywords	inhibitor, metal-independent, GT-A, O-antigen, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.80 Å
零角强度 I(0) i0	63081200.00
分子量 molecular_weight	59943.0 kDa
排除体积 excluded_volume	74210 Å³
包络体积 envelope_volume	91816 Å³
水化壳体积 shell_volume	29425 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.3 Å
壳层 Rg shell_rg	33.21 Å
包络 Rg envelope_rg	25.76 Å
形状 Rg shape_rg	25.82 Å
总 Rg total_rg	26.55 Å
总原子数 total_atoms	8298
残基数 n_residues	527
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.7 Å
Rg (实空间) rg_real	26.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0670e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	63080000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7008
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.213
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.578
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22260000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.089; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.980

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Glycosyltransferase
分子量 formula_weight	30513.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8388

MGPEFDITVVIPTFKAEKTVGQCLESVLSQQGVSTEIIVVDGGSPDATISIVQSFSSTNLTIISEPDRGIYDAINKGVSRAQGGMIGVLGADDVYKPNVLSVVKENASRGVEIVAGLTLIDGQLRADEQYRPAALISGIPFGHNAMFASQEAYRKVGLYDLAYRICADAEWVHRAIKSDISCRKVEQVFVEFGTEGTSSTNPEEIIAEACSVIQRNFPFLLKEEAKYLLYGVRGWGETSRIEQILRKYGHESVLFVTALQEAFPAVETAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Rhizobium tropici CIAT 899
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	698761
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	GDP-2-deoxy-2-fluoro-beta-L-fucose
分子量 formula_weight	591.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCINE
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.530 Å
晶胞边长 b length_b	124.330 Å
晶胞边长 c length_c	45.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	45.660 Å
R 因子 r_factor	0.2137
R_work r_work	0.2104
R_free r_free	0.2590

fit	/app/data/saxs_computation/om/9omn/9omn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/om/9omn/9omn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/om/9omn/9omn.dat