9oq9

Crystal structure of E. coli ApaH in complex with Ap4AGG

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 83.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9oq9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9oq9
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9oq9
沉积日期 deposition_date2025-05-20
结构标题 titleCrystal structure of E. coli ApaH in complex with Ap4AGG
关键词 keywordsApaH, symmetrical hydrolase, RNA decapping, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.62
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.24
零角强度 I(0) i063322500.00
分子量 molecular_weight61188.0 kDa
排除体积 excluded_volume76048 ų
包络体积 envelope_volume88672 ų
水化壳体积 shell_volume29311 ų
包络直径 envelope_diameter84.6
壳层 Rg shell_rg32.47
包络 Rg envelope_rg25.11
形状 Rg shape_rg25.29
总 Rg total_rg25.82
总原子数 total_atoms4310
残基数 n_residues538
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.0
Rg (实空间) rg_real25.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44
I(0) (实空间) i0_real6.3320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.0360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.63
I(0) (倒空间) i0_reciprocal63320000.0000
解质量估计 total_estimate0.7323
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary26.8
偏度 Skewness skewness0.382
峰度 Kurtosis kurtosis-0.355
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha17040000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.315; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.973

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (6)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)