9oqd

Chlamydia muridarum major outer membrane protein bound to Mus musculus MAB-18B Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 169.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oqd
沉积日期 deposition_date	2025-05-20
结构标题 title	Chlamydia muridarum major outer membrane protein bound to Mus musculus MAB-18B Fab
关键词 keywords	;Chlamydia muridarum major outer membrane protein, porin, CHL vaccine candidate, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex, STRUCTURAL GENOMICS, CSBID, Center for Structural Biology of Infectious Diseases ;; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.93 Å
零角强度 I(0) i0	974030000.00
分子量 molecular_weight	262160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	328990 Å³
包络体积 envelope_volume	463780 Å³
水化壳体积 shell_volume	76390 Å³
包络直径 envelope_diameter	175.2 Å
壳层 Rg shell_rg	51.22 Å
包络 Rg envelope_rg	53.15 Å
形状 Rg shape_rg	52.94 Å
总 Rg total_rg	52.82 Å
总原子数 total_atoms	18429
残基数 n_residues	2343
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	169.9 Å
Rg (实空间) rg_real	53.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.7400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0070e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	973900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8502
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	79.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.245
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.556
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	80440000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.932; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.254

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	MAB-18B Fab light chain
分子量 formula_weight	24084.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G
原子数 atom_count	18531

DIVMTQAAPSVPVTPGESVSISCRSSKSLLHSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFILRISRVEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNE

Entity 2 polymer

描述 description	MAB-18B Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23456.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H

QVQLQQSGPELVRPGVSVKISCKGSGYTFTDYSMHWVKQSHAKSLEWIGVISPYSGNTKYNQKFKDKATMTVDKSSSTAFMELARLTSEDSAIFYCARGITTGYYAMDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSSVHTFPALLQSGLYTMSSSVTVPSSTWPSQTVTCSVAHPASSTTVDKKLEP

Entity 3 polymer

描述 description	Major outer membrane porin
分子量 formula_weight	39789.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I

LPVGNPAEPSLMIDGILWEGFGGDPCDPCTTWCDAISLRLGYYGDFVFDRVLKTDVNKQFEMGAAPTGDADLTTAPTPASRENPAYGKHMQDAEMFTNAAYMALNIWDRFDVFCTLGATSGYLKGNSAAFNLVGLFGRDETAVAADDIPNVSLSQAVVELYTDTAFAWSVGARAALWECGCATLGASFQYAQSKPKVEELNVLCNAAEFTINKPKGYVGQEFPLNIKAGTVSATDTKDASIDYHEWQASLALSYRLNMFTPYIGVKWSRASFDADTIRIAQPKLETSILKMTTWNPTISGSGIDVDTKITDTLQIVSLQLNKMKSRKSCGLAIGTTIVDADKYAVTVETRLIDERAAHVNAQFRF

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	522.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	LAURIC ACID
分子量 formula_weight	200.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	sphingomyelin
分子量 formula_weight	814.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.360 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.36 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	51710

fit	/app/data/saxs_computation/oq/9oqd/9oqd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oq/9oqd/9oqd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oq/9oqd/9oqd.dat

Chlamydia muridarum major outer membrane protein bound to Mus musculus MAB-18B Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)