9oqt

N-hydroxylamine dehydratase (NohD) T98A/K167A mutant crystal structure with heme and N-hydroxylated ornithine (2.5h soak)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 72.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oqt
沉积日期 deposition_date	2025-05-21
最后修订 last_revision	2025-12-03
结构标题 title	N-hydroxylamine dehydratase (NohD) T98A/K167A mutant crystal structure with heme and N-hydroxylated ornithine (2.5h soak)
关键词 keywords	dehydratase, piperazate synthase, heme, N-N bond, hydroxylamine, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.08 Å
零角强度 I(0) i0	33633100.00
分子量 molecular_weight	44731.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55942 Å³
包络体积 envelope_volume	65607 Å³
水化壳体积 shell_volume	25414 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.5 Å
壳层 Rg shell_rg	28.40 Å
包络 Rg envelope_rg	21.21 Å
形状 Rg shape_rg	21.07 Å
总 Rg total_rg	21.99 Å
总原子数 total_atoms	3161
残基数 n_residues	408
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.4 Å
Rg (实空间) rg_real	22.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33630000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8037
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	28.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.194
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.311
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11710000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.818; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	N-hydroxylamine dehydratase (NohD)
分子量 formula_weight	22462.2 kDa
突变 mutation	T98A, K167A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3545

MHVFPRYAAARPEQAAELVRSNPFALVVSAVDGVPVATHAPVILEGDAVEGGTLLGHMARANPHWRSFASSPDVLVVFSGPHGYVSPTVYATDPAVPAWDYAAVHATGRVELAEDALDVVERTVAALEAPRDPAWTPTPASRERFRALLPGVVAFRVRVRTEQSMFALSQDLDAERYARVREAFAADNPGLADLMDRSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Actinomadura luzonensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2805427
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 3 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	N~5~-hydroxy-L-ornithine
分子量 formula_weight	148.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	326

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	67.703 Å
晶胞边长 b length_b	67.703 Å
晶胞边长 c length_c	193.110 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.820 Å
最低分辨率 resolution_low	63.890 Å
R 因子 r_factor	0.1924
R_work r_work	0.1912
R_free r_free	0.2142

fit	/app/data/saxs_computation/oq/9oqt/9oqt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oq/9oqt/9oqt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oq/9oqt/9oqt.dat

N-hydroxylamine dehydratase (NohD) T98A/K167A mutant crystal structure with heme and N-hydroxylated ornithine (2.5h soak)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction