9oze

;1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase (IspC) from Acinetobacter baumannii in complex with a Fosmidomycin analog, NADPH, and a magnesium ion ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 67.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oze
沉积日期 deposition_date	2025-06-05
最后修订 last_revision	2026-03-25
结构标题 title	;1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase (IspC) from Acinetobacter baumannii in complex with a Fosmidomycin analog, NADPH, and a magnesium ion ;
关键词 keywords	Inhibitor, reductoisomerase, oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.64 Å
零角强度 I(0) i0	60696800.00
分子量 molecular_weight	40068.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38394 Å³
包络体积 envelope_volume	61799 Å³
水化壳体积 shell_volume	24429 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.5 Å
壳层 Rg shell_rg	27.78 Å
包络 Rg envelope_rg	20.87 Å
形状 Rg shape_rg	20.65 Å
总 Rg total_rg	21.25 Å
总原子数 total_atoms	3013
残基数 n_residues	393
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.3 Å
Rg (实空间) rg_real	21.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9700e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	60700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8221
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.160
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.470
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
分子量 formula_weight	44095.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.267
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3242

MAHHHHHHMTQSVCILGVTGSIGRSTLKILGQHPDKYSVFAVSAHSRISELVEICKQFRPKVVVVPEQKIAELKTLFAQQNISDIDVLAGQEGLVDIASHTDVDIVMAAIVGAAGLLPTLAAVKAGKRVLLANKEALVMSGEIMMQAARDHQALLLPVDSEHNAIFQSLPHNYLQADRTGQPQLGVSKILLTASGGPFLNHSLEQLVHVTPQQACKHPNWSMGQKISVDSATLMNKGLELIEACHLFSISEHFVTVVVHPQSIIHSMVQYVDGSTLAQMGNPDMCTPIAHALAWPERLQTNVPALDLFEYSQLNFQAPDTQKFPALNLARQAMRAGGLAPTILNAANEIAVEAFLMERIGFTSIPQVVEHTLEKLENAAAESIECILDKDKVARSVAQQYISSIGG

来源 Source

来源生物 organism	Acinetobacter baumannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	470
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	745.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	[(1E)-3-(4-chloro-N-hydroxybenzamido)prop-1-en-1-yl]phosphonic acid
分子量 formula_weight	291.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	200

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	54.155 Å
晶胞边长 b length_b	67.050 Å
晶胞边长 c length_c	118.038 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	39.900 Å
R 因子 r_factor	0.1888
R_work r_work	0.1872
R_free r_free	0.2029

fit	/app/data/saxs_computation/oz/9oze/9oze.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oz/9oze/9oze.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oz/9oze/9oze.dat