9ozs

;Structure of phospholipase D BetaIB1i from Sicarius terrosus venom, H47N mutant bound to substrate sphingolipids at 2.60 A resolution ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ozs
沉积日期 deposition_date	2025-06-05
最后修订 last_revision	2025-12-03
结构标题 title	;Structure of phospholipase D BetaIB1i from Sicarius terrosus venom, H47N mutant bound to substrate sphingolipids at 2.60 A resolution ;
关键词 keywords	toxin sphingolipid spider venom interfacial binding site, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.83 Å
零角强度 I(0) i0	139515000.00
分子量 molecular_weight	62531.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60554 Å³
包络体积 envelope_volume	99592 Å³
水化壳体积 shell_volume	31031 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.0 Å
壳层 Rg shell_rg	34.06 Å
包络 Rg envelope_rg	26.92 Å
形状 Rg shape_rg	26.84 Å
总 Rg total_rg	27.35 Å
总原子数 total_atoms	4736
残基数 n_residues	556
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.5 Å
Rg (实空间) rg_real	27.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	139500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7236
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.361
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.524
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.544; Stabil: 0.983; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.820; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Dermonecrotic toxin StSicTox-betaIB1i
分子量 formula_weight	34262.3 kDa
EC 编号 ec_number	4.6.1.-
突变 mutation	H47N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5431

MKHHHHHHHHGGLVPRGSHGGSGDSRRPIWNIAHMVNDLDLVDEYLDDGANSLELDVEFSKSGTALRTYNGVPCDCFRSCTRSEKFSKYLDYIRQLTTPGNSKFRSRLILLVLDLKLNPLSSSAAYNAGADVARNLLDNYWQRGDSKARAYIVLSLETIAGAEFITGFKDTMKKEGFDEKYYDKIGWDFSGNEDLGKIRDVLESHGIREHIWQGDGITNCLPRDDNRLKQAISRRYSPTYVYADKVYTWSIDKESSIENALRLGVDGVMTNYPARVISVLGEREFSGKLRLATYDDNPWEK

来源 Source

来源生物 organism	Sicarius terrosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	571544
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-aminoethyl (2S,3R,4E)-2-dodecanamido-3-hydroxyheptadec-4-en-1-yl hydrogen (S)-phosphate
分子量 formula_weight	590.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	687

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.789 Å
晶胞边长 b length_b	105.854 Å
晶胞边长 c length_c	109.108 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	24.410 Å
R 因子 r_factor	0.1523
R_work r_work	0.1491
R_free r_free	0.2089

fit	/app/data/saxs_computation/oz/9ozs/9ozs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oz/9ozs/9ozs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oz/9ozs/9ozs.dat