9p0r

Structure of PYCR1 complexed with the allosteric inhibitor 2-[(2,6-dichlorophenyl)amino]pyridine-3-sulfonic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 116.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p0r
沉积日期 deposition_date	2025-06-07
结构标题 title	Structure of PYCR1 complexed with the allosteric inhibitor 2-[(2,6-dichlorophenyl)amino]pyridine-3-sulfonic acid
关键词 keywords	AMINO-ACID BIOSYNTHESIS, OXIDOREDUCTASE, PROLINE BIOSYNTHESIS, INHIBITOR; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.06 Å
零角强度 I(0) i0	614333000.00
分子量 molecular_weight	131600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	125720 Å³
包络体积 envelope_volume	227260 Å³
水化壳体积 shell_volume	52383 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.2 Å
壳层 Rg shell_rg	42.55 Å
包络 Rg envelope_rg	35.84 Å
形状 Rg shape_rg	36.07 Å
总 Rg total_rg	36.35 Å
总原子数 total_atoms	9903
残基数 n_residues	1382
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	116.7 Å
Rg (实空间) rg_real	36.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0480e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	614400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8920
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.214
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.443
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	132200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.858

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	33532.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	10950

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMSVGFIGAGQLAFALAKGFTAAGVLAAHKIMASSPDMDLATVSALRKMGVKLTPHNKETVQHSDVLFLAVKPHIIPFILDEIGADIEDRHIVVSCAAGVTISSIEKKLSAFRPAPRVIRCMTNTPVVVREGATVYATGTHAQVEDGRLMEQLLSSVGFCTEVEEDLIDAVTGLSGSGPAYAFTALDALADGGVKMGLPRRLAVRLGAQALLGAAKMLLHSEQHPGQLKDNVSSPGGATIHALHVLESGGFRSLLINAVEASCIRTRELQSMADQEQVSPAAIKKTILDKVKLDS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-(2,6-dichloroanilino)pyridine-3-sulfonic acid
分子量 formula_weight	319.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	961

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	110.933 Å
晶胞边长 b length_b	180.804 Å
晶胞边长 c length_c	87.945 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.490 Å
最低分辨率 resolution_low	47.620 Å
R 因子 r_factor	0.1962
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2208

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