9p3d

cryo-EM structure of Vibrio effector VopV fragment bound to skeletal alpha F-actin

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 244.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p3d
沉积日期 deposition_date	2025-06-13
结构标题 title	cryo-EM structure of Vibrio effector VopV fragment bound to skeletal alpha F-actin
关键词 keywords	T3SS, actin binding, Vibrio effector proteins, actin isoforms, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	88.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	90.96 Å
零角强度 I(0) i0	3937480000.00
分子量 molecular_weight	519540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	645840 Å³
包络体积 envelope_volume	919200 Å³
水化壳体积 shell_volume	101610 Å³
包络直径 envelope_diameter	350.5 Å
壳层 Rg shell_rg	58.33 Å
包络 Rg envelope_rg	92.50 Å
形状 Rg shape_rg	90.97 Å
总 Rg total_rg	90.47 Å
总原子数 total_atoms	36388
残基数 n_residues	4609
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	244.4 Å
Rg (实空间) rg_real	81.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7600e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	79.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3845000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8191
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.468
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.789
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.5675
最高正则化参数 α highest_alpha	65170000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.657; Stabil: 0.963; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.843; Smooth: 0.007

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Actin, alpha skeletal muscle
分子量 formula_weight	41503.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	11

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,a
原子数 atom_count	36399

ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
通用名 common_name	rabbit
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Oryctolagus cuniculus

Entity 2 polymer

描述 description	Vibrio VopV
分子量 formula_weight	5258.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	11

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m

KKWPEVKIPARIITTSGNASVDGNPGYRPTRVDSNGETMGYEMRDRV

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	73851

fit	/app/data/saxs_computation/p3/9p3d/9p3d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p3/9p3d/9p3d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p3/9p3d/9p3d.dat

cryo-EM structure of Vibrio effector VopV fragment bound to skeletal alpha F-actin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)