9p3f

Structure of M. thermoresistible Rv3035 in complex with M. tuberculosis FecB

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 107.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p3f
沉积日期 deposition_date	2025-06-13
最后修订 last_revision	2026-03-04
结构标题 title	Structure of M. thermoresistible Rv3035 in complex with M. tuberculosis FecB
关键词 keywords	periplasmic protein, complex, lipoprotein, scaffold protein, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.33 Å
零角强度 I(0) i0	83139700.00
分子量 molecular_weight	66946.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81395 Å³
包络体积 envelope_volume	107620 Å³
水化壳体积 shell_volume	30336 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.8 Å
壳层 Rg shell_rg	36.16 Å
包络 Rg envelope_rg	31.41 Å
形状 Rg shape_rg	31.34 Å
总 Rg total_rg	31.69 Å
总原子数 total_atoms	4731
残基数 n_residues	706
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.1 Å
Rg (实空间) rg_real	31.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	83130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8317
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.520
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.447
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.725; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.797; Smooth: 0.836

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Rv3035, BamB-like protein binding protein
分子量 formula_weight	42661.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4749

GHMGDAGSWVEAKPAEGWSAQYGDAANSSYTSAAGAEALTLEWSRSVKGELAAQVAVGASGYLAVNAQTPAGCSLMVWEYANSARQRWCTRLVQGGGRTSPLLDGFDNVYIGQPGAILSFPPTQWIRWRKPVIGMPTTPRILAPGELLVVTHLGQVLLFDAHRGTVTGTPLDLVAGVDPTDSERGLADCAGARRGCPVAAAPAFSAATDTVVLGLWEPGADEPVLIGFRYEPGRQLRREWTSTAVGGGPLASPVLSADGTTIYVHGRDRALWALDAADGQAKWSVPLGFQPQTPPSVSPDGLIIAGGGPGAQLVAVRDHGDRAERLWTREDAEPLSATSQTGAGVAYTVARHGDRGLALLVIDTGDGRTLNSYPLPEATGWPVGVSIAADRRVVTATSDGQVYGFAPAD

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium thermoresistibile
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1797
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Probable FEIII-dicitrate-binding periplasmic lipoprotein FecB
分子量 formula_weight	34432.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MASQSMITPTTQIAGAGVLGNDRKPDESCARAAAAADPGPPTRPAHNAAGVSPEMVQVPAEAQRIVVLSGDQLDALCALGLQSRIVAAALPNSSSSQPSYLGTTVHDLPGVGTRSAPDLRAIAAAHPDLILGSQGLTPQLYPQLAAIAPTVFTAAPGADWENNLRGVGAATARIAAVDALITGFAEHATQVGTKHDATHFQASIVQLTANTMRVYGANNFPASVLSAVGVDRPPSQRFTDKAYIEIGTTAADLAKSPDFSAADADIVYLSCASEAAAERAAVILDSDPWRKLSANRDNRVFVVNDQVWQTGEGMVAARGIVDDLRWVDAPIN

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	154.882 Å
晶胞边长 b length_b	154.882 Å
晶胞边长 c length_c	98.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	3.350 Å
最低分辨率 resolution_low	39.800 Å
R 因子 r_factor	0.2307
R_work r_work	0.2278
R_free r_free	0.2550

fit	/app/data/saxs_computation/p3/9p3f/9p3f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p3/9p3f/9p3f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p3/9p3f/9p3f.dat

Structure of M. thermoresistible Rv3035 in complex with M. tuberculosis FecB

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)