9pct

Structure of Porcine Trypsin Crystals Grown from PEG Complexed with Crystallization Additives III

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 62.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pct
沉积日期 deposition_date	2025-06-29
最后修订 last_revision	2025-09-17
结构标题 title	Structure of Porcine Trypsin Crystals Grown from PEG Complexed with Crystallization Additives III
关键词 keywords	sucrose, crystallization, additives, Silver Bullets, organic acids, ligands, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.90 Å
零角强度 I(0) i0	15769200.00
分子量 molecular_weight	28926.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35938 Å³
包络体积 envelope_volume	45050 Å³
水化壳体积 shell_volume	20094 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.17 Å
包络 Rg envelope_rg	18.99 Å
形状 Rg shape_rg	17.83 Å
总 Rg total_rg	19.21 Å
总原子数 total_atoms	3987
残基数 n_residues	223
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.8 Å
Rg (实空间) rg_real	18.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15770000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8720
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.248
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.254
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5853000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.796; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.944

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (17)

Entity 1 polymer

描述 description	Trypsin
分子量 formula_weight	24428.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4343

FPTDDDDKIVGGYTCAANSIPYQVSLNSGSHFCGGSLINSQWVVSAAHCYKSRIQVRLGEHNIDVLEGNEQFINAAKIITHPNFNGNTLDNDIMLIKLSSPATLNSRVATVSLPRSCAAAGTECLISGWGNTKSSGSSYPSLLQCLKAPVLSDSSCKSSYPGQITGNMICVGFLEGGKDSCQGDSGGPVVCNGQLQGIVSWGYGCAQKNKPGVYTKVCNYVNWIQQTIAAN

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Sus scrofa

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-fructofuranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	BENZAMIDINE
分子量 formula_weight	120.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 9 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 non-polymer

描述 description	1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE
分子量 formula_weight	178.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 11 non-polymer

描述 description	D-MALATE
分子量 formula_weight	134.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 12 non-polymer

描述 description	1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE
分子量 formula_weight	266.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 13 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 14 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 15 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 16 non-polymer

描述 description	D(-)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 17 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	154

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.820 Å
晶胞边长 b length_b	58.820 Å
晶胞边长 c length_c	135.340 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.410 Å
最低分辨率 resolution_low	26.310 Å
R 因子 r_factor	0.1340
R_work r_work	0.1312
R_free r_free	0.1698

fit	/app/data/saxs_computation/pc/9pct/9pct.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pc/9pct/9pct.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pc/9pct/9pct.dat