9pd0

Panoptes OptS minimal CRISPR polymerase (mCpol) with non-hydrolyzable ligand ApCpp from Klebsiella pneumoniae strain KP67

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 81.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pd0
沉积日期 deposition_date	2025-06-29
结构标题 title	Panoptes OptS minimal CRISPR polymerase (mCpol) with non-hydrolyzable ligand ApCpp from Klebsiella pneumoniae strain KP67
关键词 keywords	antiphage defense systems, nucleotide cyclases, cyclic nucleotides, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.50 Å
零角强度 I(0) i0	50159000.00
分子量 molecular_weight	54250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	67535 Å³
包络体积 envelope_volume	77927 Å³
水化壳体积 shell_volume	28345 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.6 Å
壳层 Rg shell_rg	30.07 Å
包络 Rg envelope_rg	22.42 Å
形状 Rg shape_rg	22.53 Å
总 Rg total_rg	23.21 Å
总原子数 total_atoms	3811
残基数 n_residues	478
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.1 Å
Rg (实空间) rg_real	23.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	50160000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7800
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	77.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.155
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.477
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.713; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Panoptes OptS minimal CRISPR polymerase (mCpol)
分子量 formula_weight	14587.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	3934

MGSSHHHHHHGSMYIAIDGDDVGRKITSSYLSNSEERLTYISNKLNDTTKKISKMLLSNGFEIIFQAADGVTAKTDNEVNLNFVFDKIKSYSFDEITFSAGVGANLREAYVALLNSKSNGKNMISIYKDIL

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER
分子量 formula_weight	505.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	123

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	54.420 Å
晶胞边长 b length_b	89.534 Å
晶胞边长 c length_c	104.222 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.420 Å
最低分辨率 resolution_low	48.240 Å
R 因子 r_factor	0.2174
R_work r_work	0.2115
R_free r_free	0.2696

fit	/app/data/saxs_computation/pd/9pd0/9pd0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pd/9pd0/9pd0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pd/9pd0/9pd0.dat

Panoptes OptS minimal CRISPR polymerase (mCpol) with non-hydrolyzable ligand ApCpp from Klebsiella pneumoniae strain KP67

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction