9pf9

X-ray crystal structure of ATX-350-2 Fab bound to Epstein-Barr virus glycoprotein 350

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 122.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pf9
沉积日期 deposition_date	2025-07-03
结构标题 title	X-ray crystal structure of ATX-350-2 Fab bound to Epstein-Barr virus glycoprotein 350
关键词 keywords	Viral protein, Complex, Antibody, EBV, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.34 Å
零角强度 I(0) i0	134350000.00
分子量 molecular_weight	92298.0 kDa
排除体积 excluded_volume	115170 Å³
包络体积 envelope_volume	157300 Å³
水化壳体积 shell_volume	38517 Å³
包络直径 envelope_diameter	131.5 Å
壳层 Rg shell_rg	39.65 Å
包络 Rg envelope_rg	36.32 Å
形状 Rg shape_rg	36.30 Å
总 Rg total_rg	36.69 Å
总原子数 total_atoms	12810
残基数 n_residues	834
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.0 Å
Rg (实空间) rg_real	36.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	134300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6322
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.481
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.359
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.048; Positv: 1.000; Valcen: 0.813; Smooth: 0.696

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Fab ATX-350-2 light chain
分子量 formula_weight	23327.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	12828

EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYLQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTINRLEPEDFAVYYCQQYGSSHTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Fab ATX-350-2 heavy chain
分子量 formula_weight	24017.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QITLKESGPTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLNTSRVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWNDDKRYSPSLKSRLTITKDTSNQVVLTMTNMDPVDTATYYCAHRYSSRWYWYFDLWGRGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	BLLF1
分子量 formula_weight	50481.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MEAALLVCQYTIQSLIHLTGEDPGFFNVEIPEFPFYPTCNVCTADVNVTINFDVGGKKHQLDLDFGQLTPHTKAVYQPRGAFGGSENATNLFLLELLGAGELALTMRSKKLPINVTTGEEQQVSLESVDVYFQDVFGTMWCHHAEMQNPVYLIPETVPYIKWDNCNSTNITAVVRAQGLDVTLPLSLPTSAQDSNFSVKTQMLGNEIDIECIMEDGEISQVLPGDNKFNITCSGYESHVPSGGILTSTSPVATPIPGTGYAYSLRLTPRPVSRFLGNNSILYVFYSGNGPKASGGDYCIQSNIVFSDEIPASQDMPTNTTDITYVGDNATYSVPMVTSEDANSPNVTVTAFWAWPNNTETDFKCKWTLTSGTPSGCENISGAFASNRTFDITVSGLGTAPKTLIITRTATNATTTTHKVIFSKAPESTTTSPTLNTTGFADPNTTTGLPSSTHVPTNLTAPASTGPTVST

来源 Source

来源生物 organism	human gammaherpesvirus 4
通用名 common_name	Epstein-Barr virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10376
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	116.675 Å
晶胞边长 b length_b	116.675 Å
晶胞边长 c length_c	200.030 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	3.930 Å
最低分辨率 resolution_low	46.260 Å
R 因子 r_factor	0.2435
R_work r_work	0.2416
R_free r_free	0.2819

fit	/app/data/saxs_computation/pf/9pf9/9pf9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pf/9pf9/9pf9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pf/9pf9/9pf9.dat

X-ray crystal structure of ATX-350-2 Fab bound to Epstein-Barr virus glycoprotein 350

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)