9pn5

Composite map of hypomethylated 80S ribosome treated with hygromycin B

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 235.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9pn5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9pn5
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9pn5
沉积日期 deposition_date2025-07-19
结构标题 titleComposite map of hypomethylated 80S ribosome treated with hygromycin B
关键词 keywords;2'-O-methylation, ribosome, rRNA modification ;; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier92.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron93.87
零角强度 I(0) i0241888000000.00
分子量 molecular_weight2934500.0 kDa
排除体积 excluded_volume3148800 ų
包络体积 envelope_volume5342700 ų
水化壳体积 shell_volume431850 ų
包络直径 envelope_diameter313.4
壳层 Rg shell_rg110.00
包络 Rg envelope_rg92.35
形状 Rg shape_rg93.99
总 Rg total_rg93.67
总原子数 total_atoms199023
残基数 n_residues16218
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax235.9
Rg (实空间) rg_real90.07
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37
I(0) (实空间) i0_real2.3110e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8480e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal94.21
I(0) (倒空间) i0_reciprocal243300000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9068
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary111.0
偏度 Skewness skewness0.070
峰度 Kurtosis kurtosis-0.652
角度范围 angular_range— – 0.0850 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.2920
最高正则化参数 α highest_alpha11990000000.0000
实空间数据点数 n_real_points18
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.999; Stabil: 0.945; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (82)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)