9qky

The structure of the DNA-binding domain of Nuclear Factor 1 X bound to NFI consensus DNA sequence

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 208.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qky
沉积日期 deposition_date	2025-03-20
结构标题 title	The structure of the DNA-binding domain of Nuclear Factor 1 X bound to NFI consensus DNA sequence
关键词 keywords	Transcription factor, DNA-binding domain, MH1-like domain, CCCH motif, Zinc ion binding site, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	60.03 Å
零角强度 I(0) i0	1160660000.00
分子量 molecular_weight	236410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	276330 Å³
包络体积 envelope_volume	463840 Å³
水化壳体积 shell_volume	72180 Å³
包络直径 envelope_diameter	227.5 Å
壳层 Rg shell_rg	52.01 Å
包络 Rg envelope_rg	59.70 Å
形状 Rg shape_rg	59.94 Å
总 Rg total_rg	60.05 Å
总原子数 total_atoms	16276
残基数 n_residues	1600
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	208.2 Å
Rg (实空间) rg_real	61.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1600e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	59.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1158000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8261
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	64.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.616
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.097
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0005
最高正则化参数 α highest_alpha	37310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.806; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.354

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Nuclear factor 1 X-type
分子量 formula_weight	21329.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F,I,J,M,N
原子数 atom_count	16276

HMPFIEALLPHVRAFSYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEIKQKWASRLLAKLRKDIRPEFREDFVLTITGKKPPCCVLSNPDQKGKIRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLYKSPQCSNPGLCVQPHHIGVTIKELDLYLAYFVHTPESGQSDS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (31-MER)
分子量 formula_weight	9547.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G,K,O

GGGTCTCTTTGGCAGGCAGCCAACCAGCAAA

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (31-MER)
分子量 formula_weight	9520.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H,L,P

TTTGCTGGTTGGCTGCCTGCCAAAGAGACCC

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.860 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.86 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	164794

fit	/app/data/saxs_computation/qk/9qky/9qky.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qk/9qky/9qky.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qk/9qky/9qky.dat

The structure of the DNA-binding domain of Nuclear Factor 1 X bound to NFI consensus DNA sequence

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)