SAXSdb — 9r4i

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9r4i
沉积日期 deposition_date	2025-05-07
结构标题 title	An auto inhibitory loop in the MiDAC histone deacetylase complex
关键词 keywords	HDAC1 DNTTIP1 MIDEAS histone deacetylase complex, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.78 Å
零角强度 I(0) i0	327826000.00
分子量 molecular_weight	149300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	186140 Å³
包络体积 envelope_volume	250980 Å³
水化壳体积 shell_volume	42582 Å³
包络直径 envelope_diameter	171.2 Å
壳层 Rg shell_rg	48.70 Å
包络 Rg envelope_rg	52.99 Å
形状 Rg shape_rg	53.77 Å
总 Rg total_rg	53.63 Å
总原子数 total_atoms	20675
残基数 n_residues	1284
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	163.1 Å
Rg (实空间) rg_real	53.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	327300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4578
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.460
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.913
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0790
最高正则化参数 α highest_alpha	32320000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.292; Stabil: 0.918; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.316; Smooth: 0.006

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone deacetylase 1
分子量 formula_weight	55178.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.98
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	20675

MAQTQGTRRKVCYYYDGDVGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPHKANAEEMTKYHSDDYIKFLRSIRPDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVASAVKLNKQQTDIAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAILELLKYHQRVLYIDIDIHHGDGVEEAFYTTDRVMTVSFHKYGEYFPGTGDLRDIGAGKGKYYAVNYPLRDGIDDESYEAIFKPVMSKVMEMFQPSAVVLQCGSDSLSGDRLGCFNLTIKGHAKCVEFVKSFNLPMLMLGGGGYTIRNVARCWTYETAVALDTEIPNELPYNDYFEYFGPDFKLHISPSNMTNQNTNEYLEKIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPEDAIPEESGDEDEDDPDKRISICSSDKRIACEEEFSDSEEEGEGGRKNSSNFKKAKRVKTEDEKEKDPEEKKEVTEEEKTKEEKPEAKGVKEEVKLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Mitotic deacetylase-associated SANT domain protein
分子量 formula_weight	29268.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

TPYQSHLRSPVRLADHPSERSFELPPYTPPPILSPVREGSGLYFNAIISTSTIPAPPPITPKSAHRTLLRTNSAEVTPPVLSVMGEATPVSIEPRINVGSRFQAEIPLMRDRALAAADPHKADLVWQPWEDLESSREKQRQVEDLLTAACSSIFPGAGTNQELALHCLHESRGDILETLNKLLLKKPLRPHNHPLATYHYTGSDQWKMAERKLFNKGIAIYKKDFFLVQKLIQTKTVAQCVEFYYTYKKQVKIGRNGTLT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Deoxynucleotidyltransferase terminal-interacting protein 1
分子量 formula_weight	37074.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MGATGDAEQPRGPSGAERGGLELGDAGAAGQLVLTNPWNIMIKHRQVQRRGRRSQMTTSFTDPAISMDLLRAVLQPSINEEIQTVFNKYMKFFQKAALNVRDNVGEEVDAEQLIQEACRSCLEQAKLLFSDGEKVIPRLTHELPGIKRGRQAEEECAHRGSPLPKKRKGRPPGHILSSDRAAAGMVWKPKSCEPIRREGPKWDPARLNESTTFVLGSRANKALGMGGTRGRIYIKHPHLFKYAADPQDKHWLAEQHHMRATGGKMAYLLIEEDIRDLAASDDYRGCLDLKLEELKSFVLPSWMVEKMRKYMETLRTENEHRAVEAPPQT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.920 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.92 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	305895

fit	/app/data/saxs_computation/r4/9r4i/9r4i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r4/9r4i/9r4i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r4/9r4i/9r4i.dat

An auto inhibitory loop in the MiDAC histone deacetylase complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)