9s4q

Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex lacking the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore-associated protein NNF1

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28 × 1 （Q04431） Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105 × 1 （P53148） Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NNF1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 Nn； PDB构建体 1–201； UniProt 1–201

Kinetochore-associated protein MTW1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P39731

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149） Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28 × 1 （Q04431） Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105 × 1 （P53148） Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	MTW1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 Mt； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289

Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q04431

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149） Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105 × 1 （P53148） Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ZWINT_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 Zw； PDB构建体 1–385； UniProt 1–385

Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P53148

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149） Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28 × 1 （Q04431） Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	KNL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 Kl； PDB构建体 2–474； UniProt 445–917

Kinetochore-associated protein DSN1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P40568

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149） Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28 × 1 （Q04431） Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105 × 1 （P53148） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	DSN1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 Ds； PDB构建体 1–576； UniProt 1–576

Kinetochore protein SPC24

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q04477

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149） Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28 × 1 （Q04431） Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105 × 1 （P53148） Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SPC24_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 24； PDB构建体 1–213； UniProt 1–213

Kinetochore protein SPC25

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P40014

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149） Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28 × 1 （Q04431） Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105 × 1 （P53148） Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SPC25_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 25； PDB构建体 1–221； UniProt 1–221

Kinetochore-associated protein NSL1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q12143

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149） Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28 × 1 （Q04431） Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105 × 1 （P53148） Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NSL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 Ns； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9s4q
沉积日期 deposition_date	2025-07-28
结构标题 title	Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex lacking the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain
关键词 keywords	Kinetochore, chromosome segregation, mitosis, cell cycle; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9s4q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9s4q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9s4q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	65.40 Å
Rg（电子密度）	67.88 Å
总 Rg	67.46 Å
原子数	19471
残基数	1193
排除体积	173170 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9s4q__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein NNF1
分子量 formula_weight	23668.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Nn
原子数 atom_count	19471

MVNSHGIRYIRLKQVFNRALDQSISKLQSWDKVSSCFPQYVNSKQGAINVANCQRQLTEFWTELCQREFKEIMEERNVEQKLNELDELILEAKERYTDRDQDEVNKGPAIDELSSKELVECHLYSQRMHAIHEIDERLAKVNEMNDQLAQELKDLETQVEVEKNEIGKMYDEYLGSHTDQPANVLLVQSLNDMVLELKENY

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein MTW1
分子量 formula_weight	33291.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Mt

MSAPTMRSTSILTEHLGYPPISLVDDIINAVNEIMYKCTAAMEKYLLSKSKIGEEDYGEEIKSGVAKLESLLENSVDKNFDKLELYVLRNVLRIPEEYLDANVFRLENQKDLVIVDENELKKSEEKLREKVNDVELAFKKNEMLLKRVTKVKRLLFTIRGFKQKLNELLKCKDDVQLQKILESLKPIDDTMTLLTDSLRKLYVDSESTSSTEEVEALLQRLKTNGKQNNKDFRTRYIDIRTNNVLRKLGLLGDKEDEKQSAKPDARTQAGDIVSIDIEEPQLDLLDDVL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28
分子量 formula_weight	48468.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Zw

MDTGSASIKDYETVLTDIEDSIAVSSEEVLNNQELRLKNTLHEITSSILAINEENKFVNPLRNDESLDVEGKEVFVNPKILSAKIKEFNKLMELLKLTYLEQETLDYFFRFTLSSTKPLQLDSEKDPQFVKLNERVNDLKEEISNVQESKIEQIKAEIQETGHNFAERQDLINELYLEATGDIENCWDSLNELKNLTNKEDKNMMGEKDTILNSSDSDDFVEETYTNWQKLLFLQKQNQRLTKELKEMHEVKNQIIRKGEQSKKEDSGHLMANESELCQSINLLTKFWEKHFLLKGSKTTILNFEIFTQLGKVQFEIKDMQYIIAISLSDLKRPMIKDITILQKAGGNIVTDIEASSKFNNKYRNNTKVQIFEVMDDIISELTNEENLYFQSWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105
分子量 formula_weight	55581.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Kl

MSGIALPTQDYTLREFINEVGVGFLDTKLIDDLDKKVNFPLNSFNFVENQRIDNVFSAFYIDIPILEVEAFRCKELWRSINESKDKFKDFEAQIDKSHPPLLLQEYFSSDEKMKQLMRDQLQLVKGYSKLEAAMEWYEWRKKQLNGLELILAENLNTLKREYEKLNEEVEKVNSIRGKIRKLNEAIKEEIRSLKNLPSDSYKPTLMNRIKIEAFKQELMEHSISLSSSNDFTQEMRSLKLAIAKKSNDILTLRSEVASIDKKIEKRKLFTRFDLPKLRDTLKILESLTGVRFLKFSKATLSIAFLQLDDLRVDINLANFKNNPLSSMKVMNDSNNDDMSYHLFTMLLKNVEAEHQDSMLSNLFFAMKKWRPLLKYIKLLKLLFPVKITQTEEEEALLQFKDYDRRNKTAFFYVISLVSFAQGVFSENGQIPMKVHISTQQDYSPSREVLSDRITHKISGVLPSFTKSRIHLEFT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein DSN1
分子量 formula_weight	65777.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ds

MSLEPTQTVSGTPPMLHQRTHKQVYPLRMETIPILESDSKATLQSNEPTQKDEEETEYFENKQSVSNLSPDLKFKRHKNKHIQGFPTLGERLDNLQDIKKAKRVENFNSSAPIADDNHSGDATANATANATANATANVNASAMPAPYMPYYYYYHPMNAPTPAMIPYPGSPMHSIMPNSSLQPFYSQPTAAGGPDMTTPQNISSSQQLLPAPQLFPYGSFHQQQLQQPHYIQRTRERKKSIGSQRGRRLSMLASQANGGSTIISPHKDIPEEDFYTVVGNASFGKNLQIRQLFNWCLMRSLHKLELKAKNQEEEGELEHLTKKSKLESTKAETDYVDPKRLAMVIIKEFVDDLKKDHIAIDWEDEEKYEDEDEEKILDNTENYDDTELRQLFQENDDDDDDDDEVDYSEIQRSRRKFSERRKALPKEPKKLLPNSKNVENTKNLSILTSKVNAIKNEVKEWAVTLDTSRPDLEWQELTSFSSQPLEPLSDTEEPDLAIADVETKLETKVDELRYQSHILNSHSLALNEITNSKVNKLNIETMRKISSETDDDHSQVINPQQLLKGLSLSFSKKLDL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Kinetochore protein SPC24
分子量 formula_weight	24639.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	24

MSQKDNLLDNPVEFLKEVRESFDIQQDVDAMKRIRHDLDVIKEESEARISKEHSKVSESNKKLNAERINVAKLEGDLEYTNEESNEFGSKDELVKLLKDLDGLERNIVSLRSELDEKMKLYLKDSEIISTPNGSKIKAKVIEPELEEQSAVTPEANENILKLKLYRSLGVILDLENDQVLINRKNDGNIDILPLDNNLSDFYKTKYIWERLGK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Kinetochore protein SPC25
分子量 formula_weight	25280.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	25

MASIDAFSDLERRMDGFQKDVAQVLARQQNHARQQLQQFQAEMRQLHNQHQHLIDELQRLATQRTALQQQIHAAQQATNTTREQWRSYHERESELSRRQSTLAAQSRELDSLLQQRGKECVQLRARWAAQSGNDAAEVALYERLLQLRVLPGASDVHDVRFVFGDDSRCWIEVAMHGDHVIGNSHPALDPKSRATLEHVLTVQGDLAAFLVVARDMLLASL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein NSL1
分子量 formula_weight	25448.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ns

MSQGQSKKLDVTVEQLRSIYHQFHDILEEKTDLHLPKKEYDDDAVRREVQIQLQEFLLSAMTMASKSLEVVNADTVGKTVKQLIMESQEKYMEPFDLDLNEQVRKMYQEWEDETVKVAQLRQTGPAKINEVYNNSKDEYLAQLDGRIGVLQARMMQQQSADHDDSTDDADDHINWEHIKQDYVASLNELYQTQQDLPKVRYNVEKVKRLMDFLEED

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	113688

Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex lacking the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore-associated protein NNF1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Kinetochore-associated protein MTW1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Kinetochore-associated protein DSN1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Kinetochore protein SPC24

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Kinetochore protein SPC25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Kinetochore-associated protein NSL1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9s4q__assembly_1__model_1

9s4q__assembly_1__model_1 | I(q)

9s4q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer