9sdy

Structure of RBR E2 variant binding to CUL5-RBX2 bound ARIH2

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 147.7 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RING-box protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 R； UniProt 1–113	未记录	L3A2-1 × 1 Cullin-5 × 1 （Q93034） E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2 × 1 （O95376） ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.06 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9SDY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2ECL Solution Structure of the RING domain of the human RING-box protein 2 提交 2007-02-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 40–113（74 aa）片段：RING domain	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 1.11mM RING domain U-13C,15N; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 0.05mM ZNCl2; 1.0mM IDA; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7ONI Structure of Neddylated CUL5 C-terminal region-RBX2-ARIH2* 提交 2021-05-25	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 5–113（109 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9EG1 COP9 signalosome deneddylation complex with cullin-5 提交 2024-11-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 K 1–113（113 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.52 Å
9OMA Cryo-EM structure of PCMTD1-ELOBC-CUL5-RBX2 (CRL5-PCMTD1) 提交 2025-05-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–113（113 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.14 Å
9SDX Structure of RBR binding E2 variant crosslinked with NEDD8-CUL5-RBX2 bound ARIH2 and Ub 提交 2025-08-15	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–113（113 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.97 Å
9T7V Structure of LRRC58-EloB/C-CDO1 in complex with NEDD8-CUL5-RBX2-ARIH2-Ub 提交 2025-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 R 5–113（109 aa）	突变：N-terminal residues 1-4 deleted	FE FE (III) ION × 1 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBX2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113

Cullin-5

Homo sapiens

UniProt Q93034

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–780	未记录	L3A2-1 × 1 RING-box protein 2 × 1 （Q9UBF6） E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2 × 1 （O95376） ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.06 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9SDY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3DPL Structural Insights into NEDD8 Activation of Cullin-RING Ligases: Conformational Control of Conjugation. 提交 2008-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 401–780（380 aa）片段：Residues 401-780	突变：L407E, L439K, V440K	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；277 K；2% PEG 3350, 0.1M HEPES, 0.2M L-proline, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.277
3DQV Structural Insights into NEDD8 Activation of Cullin-RING Ligases: Conformational Control of Conjugation 提交 2008-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 401–780（380 aa）片段：Cullin-5 residues 401-780	突变：L407E, L439K, V440K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 277 K；with ~19% PEG3350, 275mM (NH4)2PO4, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.299
3DQV Structural Insights into NEDD8 Activation of Cullin-RING Ligases: Conformational Control of Conjugation 提交 2008-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 401–780（380 aa）片段：Cullin-5 residues 401-780	突变：L407E, L439K, V440K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 277 K；with ~19% PEG3350, 275mM (NH4)2PO4, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.299
3DQV Structural Insights into NEDD8 Activation of Cullin-RING Ligases: Conformational Control of Conjugation 提交 2008-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 401–780（380 aa）片段：Cullin-5 residues 401-780 链 D 401–780（380 aa）片段：Cullin-5 residues 401-780	突变：L407E, L439K, V440K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：L407E, L439K, V440K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 277 K；with ~19% PEG3350, 275mM (NH4)2PO4, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.299
4JGH Structure of the SOCS2-Elongin BC complex bound to an N-terminal fragment of Cullin5 提交 2013-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 10–386（377 aa）片段：unp residues 10-386	突变：V341R, L345D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295.15 K；0.25 M sodium citrate and 18 % (w/v) PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.248
4JGH Structure of the SOCS2-Elongin BC complex bound to an N-terminal fragment of Cullin5 提交 2013-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 10–386（377 aa）片段：unp residues 10-386	突变：V341R, L345D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295.15 K；0.25 M sodium citrate and 18 % (w/v) PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.248
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 U 12–321（310 aa）片段：UNP residues 12-321	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 3 12–321（310 aa）片段：UNP residues 12-321	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 9 12–321（310 aa）片段：UNP residues 12-321	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 w 12–321（310 aa）片段：UNP residues 12-321	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 12–321（310 aa）片段：UNP residues 12-321	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 12–321（310 aa）片段：UNP residues 12-321	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 O 12–321（310 aa）片段：UNP residues 12-321	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 V 12–321（310 aa）片段：UNP residues 12-321	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 f 12–321（310 aa）片段：UNP residues 12-321	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 l 12–321（310 aa）片段：UNP residues 12-321	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 r 12–321（310 aa）片段：UNP residues 12-321	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 x 12–321（310 aa）片段：UNP residues 12-321	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
6V9I cryo-EM structure of Cullin5 bound to RING-box protein 2 (Cul5-Rbx2) 提交 2019-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–780（779 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4 second blot time, blot force 20	分辨率 5.20 Å
7ONI Structure of Neddylated CUL5 C-terminal region-RBX2-ARIH2* 提交 2021-05-25	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–780（780 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8EI2 Crystal structure of the N-terminal domain of CUL5 in complex with H314, a Helicon Polypeptide 提交 2022-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–386（386 aa）片段：N-terminal domain	未记录	WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；30% w/v PEG 8000, 0.1M MES Sodium Salt pH6.5, 0.2M Ammonium Sulfate, 4% v/v 1,3-Propanediol	分辨率 2.80 Å R-free 0.357
8FVJ Dimeric form of HIV-1 Vif in complex with human CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5 提交 2023-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 2 11–320（310 aa）链 7 11–320（310 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
9EG1 COP9 signalosome deneddylation complex with cullin-5 提交 2024-11-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 J 1–780（780 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.52 Å
9OMA Cryo-EM structure of PCMTD1-ELOBC-CUL5-RBX2 (CRL5-PCMTD1) 提交 2025-05-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–780（780 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.14 Å
9OMF Cryo-EM structure of neddylated PCMTD1-ELOBC-CUL5-RBX2 (N8-CRL5-PCMTD1) 提交 2025-05-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–780（780 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.72 Å
9SDX Structure of RBR binding E2 variant crosslinked with NEDD8-CUL5-RBX2 bound ARIH2 and Ub 提交 2025-08-15	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–780（780 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.97 Å
9T7V Structure of LRRC58-EloB/C-CDO1 in complex with NEDD8-CUL5-RBX2-ARIH2-Ub 提交 2025-11-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–780（780 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å

共 13 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CUL5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–780； UniProt 1–780

E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2

Homo sapiens

UniProt O95376

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–493	未记录	L3A2-1 × 1 RING-box protein 2 × 1 （Q9UBF6） Cullin-5 × 1 （Q93034） ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.06 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9SDY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7OD1 Crystal structure of RBR ubiquitin ligase ARIH2 提交 2021-04-28	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–493（493 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Sodium nitrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5, 20 % PEG 3350	分辨率 2.45 Å R-free 0.262
7OD1 Crystal structure of RBR ubiquitin ligase ARIH2 提交 2021-04-28	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–493（493 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Sodium nitrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5, 20 % PEG 3350	分辨率 2.45 Å R-free 0.262
7ONI Structure of Neddylated CUL5 C-terminal region-RBX2-ARIH2* 提交 2021-05-25	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 1–493（493 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9SDX Structure of RBR binding E2 variant crosslinked with NEDD8-CUL5-RBX2 bound ARIH2 and Ub 提交 2025-08-15	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 1–493（493 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.97 Å
9T7V Structure of LRRC58-EloB/C-CDO1 in complex with NEDD8-CUL5-RBX2-ARIH2-Ub 提交 2025-11-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 H 1–493（493 aa）	突变：L381A,E382A,E455A,	FE FE (III) ION × 1 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARI2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–493； UniProt 1–493

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9sdy
沉积日期 deposition_date	2025-08-15
结构标题 title	Structure of RBR E2 variant binding to CUL5-RBX2 bound ARIH2
关键词 keywords	Complex, Ligase; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.32 Å
零角强度 I(0) i0	256329000.00
分子量 molecular_weight	129420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	161350 Å³
包络体积 envelope_volume	254650 Å³
水化壳体积 shell_volume	49658 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.7 Å
壳层 Rg shell_rg	46.15 Å
包络 Rg envelope_rg	44.54 Å
形状 Rg shape_rg	45.37 Å
总 Rg total_rg	45.21 Å
总原子数 total_atoms	9073
残基数 n_residues	1172
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	147.7 Å
Rg (实空间) rg_real	45.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	256300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8960
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.211
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.708
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.855

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	L3A2-1
分子量 formula_weight	17854.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G
原子数 atom_count	9073

MVAASSRLMKELEEIRKAGMKNFRNIQVDEANLLTWQGLIVPDNPPYDKGAFRIEINFPAEYPFKPPKITFKTKIYHPNIDEKGQVCLPVISAENWKPATKTDQVIQSLIALVNDPQPEHPLRADLAEEYSKDRKKFAKNAEEFTKKYGEKRPVD

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RING-box protein 2
分子量 formula_weight	12697.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27,2.3.2.32
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MADVEDGEETCALASHSGSSGSKSGGDKMFSLKKWNAVAMWSWDVECDTCAICRVQVMDACLRCQAENKQEDCVVVWGECNHSFHNCCMSLWVKQNNRCPLCQQDWVVQRIGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cullin-5
分子量 formula_weight	91085.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MATSNLLKNKGSLQFEDKWDFMRPIVLKLLRQESVTKQQWFDLFSDVHAVCLWDDKGPAKIHQALKEDILEFIKQAQARVLSHQDDTALLKAYIVEWRKFFTQCDILPKPFCQLEITLMGKQGSNKKSNVEDSIVRKLMLDTWNESIFSNIKNRLQDSAMKLVHAERLGEAFDSQLVIGVRESYVNLCSNPEDKLQIYRDNFEKAYLDSTERFYRTQAPSYLQQNGVQNYMKYADAKLKEEEKRALRYLETRRECNSVEALMECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETEKLHLMFSLMDKVPNGIEPMLKDLEEHIISAGLADMVAAAETITTDSEKYVEQLLTLFNRFSKLVKEAFQDDPRFLTARDKAYKAVVNDATIFKLELPLKQKGVGLKTQPESKCPELLANYCDMLLRKTPLSKKLTSEEIEAKLKEVLLVLKYVQNKDVFMRYHKAHLTRRLILDISADSEIEENMVEWLREVGMPADYVNKLARMFQDIKVSEDLNQAFKEMHKNNKLALPADSVNIKILNAGAWSRSSEKVFVSLPTELEDLIPEVEEFYKKNHSGRKLHWHHLMSNGIITFKNEVGQYDLEVTTFQLAVLFAWNQRPREKISFENLKLATELPDAELRRTLWSLVAFPKLKRQVLLYEPQVNSPKDFTEGTLFSVNQEFSLIKNAKVQKRGKINLIGRLQLTTERMREEENEGIVQLRILRTQEAIIQIMKMRKKISNAQLQTELVEILKNMFLPQKKMIKEQIEWLIEHKYIRRDESDINTFIYMA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2
分子量 formula_weight	57893.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.31
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSVDMNSQGSDSNEEDYDPNCEEEEEEEEDDPGDIEDYYVGVASDVEQQGADAFDPEEYQFTCLTYKESEGALNEHMTSLASVLKVSHSVAKLILVNFHWQVSEILDRYKSNSAQLLVEARVQPNPSKHVPTSHPPHHCAVCMQFVRKENLLSLACQHQFCRSCWEQHCSVLVKDGVGVGVSCMAQDCPLRTPEDFVFPLLPNEELREKYRRYLFRDYVESHYQLQLCPGADCPMVIRVQEPRARRVQCNRCNEVFCFKCRQMYHAPTDCATIRKWLTKCADDSETANYISAHTKDCPKCNICIEKNGGCNHMQCSKCKHDFCWMCLGDWKTHGSEYYECSRYKENPDIVNQSQQAQAREALKKYLFYFERWENHNKSLQLEAQTYQRIHEKIQERVMNNLGTWIDWQYLQNAAKLLAKCRYTLQYTYPYAYYMESGPRKKLFEYQQAQLEAEIENLSWKVERADSYDRGDLENQMHIAEQRRRTLLKDFHDT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.060 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.06 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	191502

fit	/app/data/saxs_computation/sd/9sdy/9sdy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sd/9sdy/9sdy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sd/9sdy/9sdy.dat

Structure of RBR E2 variant binding to CUL5-RBX2 bound ARIH2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RING-box protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cullin-5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)