9xzj

Cryo-EM structure of F-box helicase 1 (FBH1) bound to an SCF ubiquitin ligase complex and a 3-way DNA fork (consensus structure)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cullin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 4	E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） F-box DNA helicase 1 × 1 （Q8NFZ0） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） DNA (45-MER) × 1 ;DNA (5'-D(CPTPGPAPCPGPCPTPTPCPCPAPTPCPGPCPTPGPTPCPTPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPCPGPCPTPAPCPCPTPTPCPGPCPAPGPTPC)-3') ; × 1 DNA (45-MER) × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CUL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–776； UniProt 1–776

E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

Homo sapiens

UniProt P62877

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 4	Cullin-1 × 1 （Q13616） F-box DNA helicase 1 × 1 （Q8NFZ0） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） DNA (45-MER) × 1 ;DNA (5'-D(CPTPGPAPCPGPCPTPTPCPCPAPTPCPGPCPTPGPTPCPTPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPCPGPCPTPAPCPCPTPTPCPGPCPAPGPTPC)-3') ; × 1 DNA (45-MER) × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108

F-box DNA helicase 1

Homo sapiens

UniProt Q8NFZ0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 4	Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） DNA (45-MER) × 1 ;DNA (5'-D(CPTPGPAPCPGPCPTPTPCPCPAPTPCPGPCPTPGPTPCPTPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPCPGPCPTPAPCPCPTPTPCPGPCPAPGPTPC)-3') ; × 1 DNA (45-MER) × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FBH1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 4–972； UniProt 75–1043

S-phase kinase-associated protein 1

Homo sapiens

UniProt P63208

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 4	Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） F-box DNA helicase 1 × 1 （Q8NFZ0） DNA (45-MER) × 1 ;DNA (5'-D(CPTPGPAPCPGPCPTPTPCPCPAPTPCPGPCPTPGPTPCPTPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPCPGPCPTPAPCPCPTPTPCPGPCPAPGPTPC)-3') ; × 1 DNA (45-MER) × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9xzj
沉积日期 deposition_date	2025-08-27
结构标题 title	Cryo-EM structure of F-box helicase 1 (FBH1) bound to an SCF ubiquitin ligase complex and a 3-way DNA fork (consensus structure)
关键词 keywords	Helicase, Translocase, Fork remodeler, Fork reversal, Replication fork, DNA binding, ISOMERASE-DNA complex; ISOMERASE/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9xzj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9xzj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9xzj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	63.47 Å
Rg（电子密度）	62.33 Å
总 Rg	62.48 Å
原子数	31942
残基数	1849
排除体积	286960 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9xzj__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cullin-1
分子量 formula_weight	89800.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	31942

MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSNQARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYTQQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIYSLALVTWRDCLFRPLNKQVTNAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADTERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHLEIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAALNDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACGRFINNNAVTKMAQSSSKSPELLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSASDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNSEPLDLDFSIQVLSSGSWPFQQSCTFALPSELERSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYTLQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQILLKSKLLVLEDENANVDEVELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMETEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMKMRKVLKHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
分子量 formula_weight	12290.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27,2.3.2.32
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MAAAMDVDTPSGTNSGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFHFHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	F-box DNA helicase 1
分子量 formula_weight	109518.7 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.2.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

SNAMAKSNSVGQDSCQDSEGDMIFPAESSCALPQEGSAGPGSPGSAPPSRKRSWSSEEESNQATGTSRWDGVSKKAPRHHLSVPCTRPREARQEAEDSTSRLSAESGETDQDAGDVGPDPIPDSYYGLLGTLPCQEALSHICSLPSEVLRHVFAFLPVEDLYWNLSLVCHLWREIISDPLFIPWKKLYHRYLMNEEQAVSKVDGILSNCGIEKESDLCVLNLIRYTATTKCSPSVDPERVLWSLRDHPLLPEAEACVRQHLPDLYAAAGGVNIWALVAAVVLLSSSVNDIQRLLFCLRRPSSTVTMPDVTETLYCIAVLLYAMREKGINISNRIHYNIFYCLYLQENSCTQATKVKEEPSVWPGKKTIQLTHEQQLILNHKMEPLQVVKIMAFAGTGKTSTLVKYAEKWSQSRFLYVTFNKSIAKQAERVFPSNVICKTFHSMAYGHIGRKYQSKKKLNLFKLTPFMVNSVLAEGKGGFIRAKLVCKTLENFFASADEELTIDHVPIWCKNSQGQRVMVEQSEKLNGVLEASRLWDNMRKLGECTEEAHQMTHDGYLKLWQLSKPSLASFDAIFVDEAQDCTPAIMNIVLSQPCGKIFVGDPHQQIYTFRGAVNALFTVPHTHVFYLTQSFRFGVEIAYVGATILDVCKRVRKKTLVGGNHQSGIRGDAKGQVALLSRTNANVFDEAVRVTEGEFPSRIHLIGGIKSFGLDRIIDIWILLQPEEERRKQNLVIKDKFIRRWVHKEGFSGFKRYVTAAEDKELEAKIAVVEKYNIRIPELVQRIEKCHIEDLDFAEYILGTVHKAKGLEFDTVHVLDDFVKVPCARHNLPQLPHFRVESFSEDEWNLLYVAVTRAKKRLIMTKSLENILTLAGEYFLQAELTSNVLKTGVVRCCVGQCNNAIPVDTVLTMKKLPITYSNRKENKGGYLCHSCAEQRIGPLAFLTASPEQVRAMERTVENIVLPRHEALLFLVF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	S-phase kinase-associated protein 1
分子量 formula_weight	18680.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MPSIKLQSSDGEIFEVDVEIAKQSVTIKTMLEDLGMDDEGDDDPVPLPNVNAAILKKVIQWCTHHKDDPPPPEDDENKEKRTDDIPVWDQEFLKVDQGTLFELILAANYLDIKGLLDVTCKTVANMIKGKTPEEIRKTFNIKNDFTEEEEAQVRKENQWCEEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (45-MER)
分子量 formula_weight	13921.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X

GACTGCGAAGGTAGCGACAGATCCCCTGACGAACTGAGTCCTGAG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPTPGPAPCPGPCPTPTPCPCPAPTPCPGPCPTPGPTPCPTPAP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	6983.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A

CTGACGCTTCCATCGCTGTCTAG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPCPGPCPTPAPCPCPTPTPCPGPCPAPGPTP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	5114.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TCGCTACCTTCGCAGTC

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA (45-MER)
分子量 formula_weight	13872.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

CTCAGGACTCAGTTCGTCAGCCCTAGACAGCGATGGAAGCGTCAG

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.13 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	829277

Cryo-EM structure of F-box helicase 1 (FBH1) bound to an SCF ubiquitin ligase complex and a 3-way DNA fork (consensus structure)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cullin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

F-box DNA helicase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

S-phase kinase-associated protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9xzj__assembly_1__model_1

9xzj__assembly_1__model_1 | I(q)

9xzj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

7. 引用文献 (1)