SAXSdb — 10en

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 4 of Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–838 链 C； UniProt 25–838	未记录	Glutamate receptor × 2 （A0A8B7RCM5） SK3D Light chain × 2 SK3D Heavy chain × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 10EN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
10EV OX1-Matured in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 25–838（814 aa）链 C 25–838（814 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
10EX SK5A-Matured apo state in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 25–838（814 aa）链 C 25–838（814 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.08 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NMDZ1_CANLF
Isoform	Q5R1P0-4
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–814； UniProt 25–838 作者链 C； PDB构建体 1–814； UniProt 25–838

Glutamate receptor

Homo sapiens

UniProt A0A8B7RCM5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 59–845 链 D； UniProt 59–845	未记录	Isoform 4 of Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 × 2 （Q5R1P0） SK3D Light chain × 2 SK3D Heavy chain × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 10EN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
10EV OX1-Matured in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 59–845（787 aa）链 D 59–845（787 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8B7RCM5_HIPAR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–787； UniProt 59–845 作者链 D； PDB构建体 1–787； UniProt 59–845

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	10en
沉积日期 deposition_date	2026-01-15
结构标题 title	SK3D-Matured in complex with GluN1-GluN2B, full refinement
关键词 keywords	NMDAR, antibody, SIGNALING PROTEIN, SIGNALING PROTEIN-Immune System complex; SIGNALING PROTEIN/Immune System
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	62.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	62.42 Å
零角强度 I(0) i0	1926220000.00
分子量 molecular_weight	370420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	464080 Å³
包络体积 envelope_volume	740310 Å³
水化壳体积 shell_volume	105780 Å³
包络直径 envelope_diameter	215.2 Å
壳层 Rg shell_rg	58.24 Å
包络 Rg envelope_rg	60.22 Å
形状 Rg shape_rg	62.40 Å
总 Rg total_rg	62.38 Å
总原子数 total_atoms	26125
残基数 n_residues	3553
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	221.0 Å
Rg (实空间) rg_real	62.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.15 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9260e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3940e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	62.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1925000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5790
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.310
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.530
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0013
最高正则化参数 α highest_alpha	162800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.004; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 4 of Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
分子量 formula_weight	91827.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	26125

KIVNIGAVLSTRKHEQMFREAVNQANKRHGSWKIQLNATSVTHKPNAIQMALSVCEDLISSQVYAILVSHPPTPNDHFTPTPVSYTAGFYRIPVLGLTTRMSIYSDKSIHLSFLRTVPPYSHQSSVWFEMMRVYSWNHIILLVSDDHEGRAAQKRLETLLEERESKAEKVLQFDPGTKNVTALLMEARELEARVIILSASEDDAATVYRAAAMLNMTGSGYVWLVGEREISGNALRYAPDGIIGLQLINGKNESAHISDAVGVVAQAVHELLEKENITDPPRGCVGNTNIWKTGPLFKRVLMSSKYADGVTGRVEFNEDGDRKFANYSIMNLQNRKLVQVGIYNGTHVIPNDRKIIWPGGETEKPRGYQMSTRLKIVTIHQEPFVYVKPTLSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKEIPRSTLDSFMNPFQSTLWLLVGLSVHVVAVMLYLLDRFSPFGRFKVNSEEEEEDALTLSSAMWFSWGVLLNSGIGEGAPRSFSARILGMVWAGFAMIIVASYTANLAAFLVLDRPEERITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDSRSNAPATLTFENMAGVFMIVAGGIVAGIFLIFIEIAYKSRA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate receptor
分子量 formula_weight	88673.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

FHHLSVVPRVELVAMNETDPKSIITRICDLMSDRKIQGVVFADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSMIMADKDESSMFFQFGPSIEQQASVMLNIMEEYDWYIFSIVTTYFPGYQDFVNKIRSTIENSFVGWELEEVLLLDMSLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLYCTKEEATYIFEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPSEFPTGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSEHSFIPEPKSSCYNTHEKRIYQSNMLNRYLINVTFEGRNLSFSEDGYQMHPKLVIILLNKERKWERVGKWKDKSLQMKYYVWPRMCPETEEQEDDHLSIVTLEEAPFVIVESVDPLSGTCMRNTVPCEKRIVTENKTDEEPGYIKKCCKGFCIDILKKISKSVKFTYDLYLVTNGKHGKKINGTWNGMIGEVVMKRAYMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFIETGISVMVSRSNGTVSPSAFLEPFSADVWVMMFVMLLIVSAVAVFVFEYFSPVGYNRCLADGREPGGPSFTIGKAIWLLWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAFFAVIFLASYTANLAAFMIQEEYVDQVSGLSDKKFQRPNDFSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYAEMHAYMGKFNQRGVDDALLSLKTGKLDAFIYDAAVLNYMAGRDEGCKLVTIGSGKVFASTGYGIAIQKDSGWKRQVDLAILQLFGDGEMEELEALWLTGICHNEKNEVMSSQLDIDNMAGVFYMLGAAMALSLITFISEHLFYWQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SK3D Light chain
分子量 formula_weight	12008.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,I

DIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASKSVSTSGYSYMNWYQQKAGQPPKLLIYLASNLESGVPARFSGSGSGTDFTLNIHPVEEEDAATYYCQHSRELPYTFGGGTKLEIK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	SK3D Heavy chain
分子量 formula_weight	13119.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,J

EVQLQQSGPELVKPGASVKMSCKASGYTFTSYVMHWVKQKPGQGLEWIGYINPYSDGTNYNEKFKGKATLTSDKSSSTAYMELSSLTSEDSAVYYCARLTTVVEGAMDYWGQGTSVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	130398

fit	/app/data/saxs_computation/0e/10en/10en.fit
pddf	/app/data/pr_computation/0e/10en/10en.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/0e/10en/10en.dat

SK3D-Matured in complex with GluN1-GluN2B, full refinement

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 4 of Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glutamate receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)