← 返回搜索
10fn

SK5A-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 202.3 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

Homo sapiens

UniProt Q05586

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–841 链 C； UniProt 1–841 未记录 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B × 2 （Q13224） Light chain × 2 Heavy chain × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 10FN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
10EY SK5B-Matured in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
10EZ SK3D-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.76 Å
10FD SK5G-Matured in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
10FE OX1-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
10FF SK5A-Matured glycine/glutamate in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.06 Å
10FL SK5G-Germline 提交 2026-01-16 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.81 Å
10FO SK5B-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-16 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.46 Å
2HQW Crystal Structure of Ca2+/Calmodulin bound to NMDA Receptor NR1C1 peptide 提交 2006-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 875–898（24 aa） 片段：C-TERMINAL TAIL, C1 REGION
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277.15 K；7% PEG 6000, 5mM CaCl2, 100 mM sodium acetate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.90 Å R-free 0.248
2NR1 TRANSMEMBRANE SEGMENT 2 OF NMDA RECEPTOR NR1, NMR, 10 STRUCTURES 提交 1997-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 599–621（23 aa） 片段：TRANSMEMBRANE SEGMENT 2
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；303 K
分辨率未提供
3BYA Structure of a Calmodulin Complex 提交 2008-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 875–898（24 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；17-19% PEG 3350, 0.120mM Ammonium Phosphate, 15% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.232
5H8F Structure of the apo human GluN1/GluN2A LBD 提交 2015-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 394–544（151 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
链 B 663–800（138 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
未记录 GOL GLYCEROL × 6 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 1.81 Å R-free 0.207
5H8H Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE3419 提交 2015-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 415–565（151 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
链 B 684–821（138 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
未记录 ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1 5YC 7-[[ethyl(phenyl)amino]methyl]-2-methyl-[1,3,4]thiadiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 2.23 Å R-free 0.227
5H8N Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with NAM 提交 2015-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 394–544（151 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
链 B 663–800（138 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 1 5YD 4-[[(4-fluorophenyl)sulfonylamino]methyl]-~{N}-(pyridin-3-ylmethyl)benzamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 2.50 Å R-free 0.236
5H8Q Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE8324 提交 2015-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 394–544（151 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
链 B 663–800（138 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
未记录 ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 5YE 6-[[ethyl-(4-fluorophenyl)amino]methyl]-2,3-dihydro-1~{H}-cyclopenta[3,4][1,3]thiazolo[1,4-~{a}]pyrimidin-8-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 1.90 Å R-free 0.209
5I2K Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with 7-{[ethyl(4-fluorophenyl)amino]methyl}-N,2-dimethyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide (compound 19) 提交 2016-02-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 415–565（151 aa） 片段：UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821
链 B 684–821（138 aa） 片段：UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 67H 7-{[ethyl(4-fluorophenyl)amino]methyl}-N,2-dimethyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 2.86 Å R-free 0.256
5I2N Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with N-ethyl-7-{[2-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide (compound 29) 提交 2016-02-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 415–565（151 aa） 片段：UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821
链 B 684–821（138 aa） 片段：UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821
未记录 CA CALCIUM ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 67J N-ethyl-7-{[2-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 2.12 Å R-free 0.223
5KCJ Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE6901 提交 2016-06-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 415–565（151 aa） 片段：Ligand binding domain (UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821)
链 B 684–821（138 aa） 片段：Ligand binding domain (UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821)
未记录 ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate
分辨率 2.09 Å R-free 0.225
5KDT Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE0723 提交 2016-06-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 415–565（151 aa） 片段：Ligand binding domain (UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821)
链 B 684–821（138 aa） 片段：Ligand binding domain (UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821)
未记录 ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 6RV (1~{R},2~{R})-2-[7-[[5-chloranyl-3-(trifluoromethyl)pyrazol-1-yl]methyl]-5-oxidanylidene-2-(trifluoromethyl)-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-3-yl]cyclopropane-1-carbonitrile × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate
分辨率 2.44 Å R-free 0.240
5TP9 Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with compound 2 (GNE9178) 提交 2016-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 415–565（151 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
链 B 684–821（138 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
未记录 ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 7H0 7-{[5-chloro-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]methyl}-N-ethyl-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate
分辨率 2.40 Å R-free 0.237
5TPA Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with compound 9 (GNE3500) 提交 2016-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 415–565（151 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
链 B 684–821（138 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 1 7H2 (1R,2R)-2-(2-{[5-chloro-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]methyl}-7-methyl-4-oxo-4H-pyrido[1,2-a]pyrimidin-6-yl)cyclopropane-1-carbonitrile × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate
分辨率 2.48 Å R-free 0.241
6IRA Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 7.8 提交 2018-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
突变：G612R 突变：G612R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8；Solutions were made fresh.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane.
分辨率 4.50 Å
6IRF Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class I 提交 2018-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
突变：G612R 突变：G612R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.3；Solutions were made fresh.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane
分辨率 5.10 Å
6IRG Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class II 提交 2018-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
突变：G612R 突变：G612R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.3；Solutions were made fresh.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane
分辨率 5.50 Å
6IRH Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class III 提交 2018-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
突变：G612R 突变：G612R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.3；Solutions were made fresh.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane
分辨率 7.80 Å
7EOQ Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/CPP bound state 提交 2021-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
突变：E698C 突变：E698C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7EOR Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate/GNE-6901 bound state 提交 2021-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
突变：E698C 突变：E698C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7EOS Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate bound state 提交 2021-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
突变：E698C 突变：E698C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7EOT Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the CGP-78608/glutamate bound state 提交 2021-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
突变：E698C 突变：E698C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 J86 [(1S)-1-[[7-bromanyl-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydroquinoxalin-5-yl]methylamino]ethyl]phosphonic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7EOU Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate/GNE-6901/9-AA bound state 提交 2021-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
突变：E698C 突变：E698C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 AA 9-AMINOACRIDINE × 1 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
7EU7 Structure of the human GluN1-GluN2A NMDA receptor in complex with S-ketamine, glycine and glutamate 提交 2021-05-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7EU8 Structure of the human GluN1-GluN2B NMDA receptor in complex with S-ketamine,glycine and glutamate 提交 2021-05-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.07 Å
7YFF Structure of GluN1a-GluN2D NMDA receptor in complex with agonist glycine and competitive antagonist CPP. 提交 2022-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–840（840 aa）
链 C 1–840（840 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 GLY GLYCINE × 2 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging
分辨率 3.60 Å
7YFL Structure of GluN1a-GluN2D NMDA receptor in complex with agonists glycine and glutamate. 提交 2022-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging
分辨率 3.90 Å
7YFM Structure of GluN1b-GluN2D NMDA receptor in complex with agonists glycine and glutamate. 提交 2022-07-08 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–868（868 aa）
链 C 1–868（868 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging
分辨率 5.10 Å
7YFO Structure of GluN1a E698C-GluN2D NMDA receptor in cystines crosslinked state. 提交 2022-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
突变：E698C 突变：E698C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging
分辨率 6.40 Å
7YFR Structure of GluN1a E698C-GluN2D NMDA receptor in cystines non-crosslinked state. 提交 2022-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
突变：E698C 突变：E698C GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging
分辨率 5.10 Å
8E92 D-cycloserine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in intact conformation 提交 2022-08-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
8E93 D-cycloserine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in splayed conformation 提交 2022-08-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8E94 PYD-106-bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in intact conformation 提交 2022-08-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 IWB methyl 4-[(2~{R})-3-ethanoyl-1-[2-(2-methyl-1~{H}-indol-3-yl)ethyl]-4-oxidanyl-5-oxidanylidene-2~{H}-pyrrol-2-yl]benzoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
8E96 Glycine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2D NMDA receptor 提交 2022-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 19–847（829 aa）
链 C 19–847（829 aa）
突变：C22S, R844N, R845G, K846A 突变：C22S, R844N, R845G, K846A GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
8E97 PYD-106-bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in splayed conformation 提交 2022-08-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.19 Å
8E98 D-cycloserine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in nanodisc - intact conformation 提交 2022-08-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.75 Å
8E99 Human GluN1a-GluN2A-GluN2C triheteromeric NMDA receptor in complex with Nb-4 提交 2022-08-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–843（843 aa）
链 C 1–843（843 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.24 Å
8JIZ Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab5F6 in two fab bind conformation 提交 2023-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8JJ0 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab5F6 in one fab bind conformation 提交 2023-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
8JJ1 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab2G7 in two fab conformation 提交 2023-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.77 Å
8JJ2 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab2G7 in one fab conformation 提交 2023-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
8USX Glycine-bound GluN1a-3A NMDA receptor 提交 2023-10-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–843（821 aa）
链 C 23–843（821 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UUE Glycine-bound GluN1a-3A LBD heterotetramer (local refinement) 提交 2023-11-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 395–798（404 aa）
链 C 395–798（404 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
8VUH Human GluN1-2A IgG 003-102 splayed conformation 提交 2024-01-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 27–841（815 aa）
链 C 26–841（816 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.42 Å
8VUJ Human GluN1-2A with Fab 003-102 提交 2024-01-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 27–841（815 aa）
链 C 26–841（816 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
8VUL Human GluN1-2A with Fab 003-102 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 25–393（369 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.83 Å
8VUN Human GluN1-2A With Fab 008-218 提交 2024-01-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 25–841（817 aa）
链 C 25–841（817 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.01 Å
8VUQ Human GluN1-2A with Fab 008-218 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 25–393（369 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.85 Å
8VUR Human GluN1-2A with IgG 003-102 WT conformation 提交 2024-01-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 27–841（815 aa）
链 C 27–841（815 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.84 Å
8VUS Human GluN1-2A with IgG 007-168 提交 2024-01-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 23–798（776 aa）
链 C 23–798（776 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.99 Å
8VUT Human GluN1-2A with IgG 008-218 提交 2024-01-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 25–841（817 aa）
链 C 25–841（817 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8VUU Human GluN1-2B with Fab 007-168 提交 2024-01-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 23–838（816 aa）
链 C 23–838（816 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
8VUV Human GluN1-2B with Fab 007-168 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–393（371 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å
8Y1V Structure of GluN1b-GluN2D NMDA receptor in complex with competitive antagonist R-CPP and allosteric inhibitor YY-23 提交 2024-01-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–868（868 aa）
链 C 1–868（868 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 A1LW8 (2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-(hydroxymethyl)-6-[(2~{S})-2-methyl-4-[(1~{R},2~{R},4~{S},6~{S},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S},18~{R})-7,9,13,18-tetramethyl-16-oxidanyl-5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosan-6-yl]butoxy]oxane-3,4,5-triol × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8ZH7 Crystal structure of N-terminal domain of N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 in complex with patient-derived antibody 提交 2024-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 21–393（373 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES or HEPES, pH6.5-7.5, and 6-8 %w/v PEG20000
分辨率 3.50 Å R-free 0.227
8ZH7 Crystal structure of N-terminal domain of N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 in complex with patient-derived antibody 提交 2024-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 21–393（373 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES or HEPES, pH6.5-7.5, and 6-8 %w/v PEG20000
分辨率 3.50 Å R-free 0.227
8ZH7 Crystal structure of N-terminal domain of N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 in complex with patient-derived antibody 提交 2024-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 21–393（373 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES or HEPES, pH6.5-7.5, and 6-8 %w/v PEG20000
分辨率 3.50 Å R-free 0.227
8ZH7 Crystal structure of N-terminal domain of N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 in complex with patient-derived antibody 提交 2024-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 21–393（373 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES or HEPES, pH6.5-7.5, and 6-8 %w/v PEG20000
分辨率 3.50 Å R-free 0.227
9D37 Nonactive state of Gly-,Glu- bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa）
链 C 23–847（825 aa）
突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
9D38 Open state of Gly-,Glu-,EU1622-240 bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa）
链 C 23–847（825 aa）
突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.95 Å
9D39 Gly-,PPDA- bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa）
链 C 23–847（825 aa）
突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2JL (2S,3R)-1-(phenanthren-2-ylcarbonyl)piperazine-2,3-dicarboxylic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.65 Å
9D3A Nonactive state of Gly-,Glu- bound GluN1a-2B-2D NMDAR (Low-res) 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa）
链 C 23–847（825 aa）
突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.78 Å
9D3B Gly-,Glu-,(S)-DQP-997-74 bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa）
链 C 23–847（825 aa）
突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1A15 4-{(3R,5S)-5-(4-chlorophenyl)-3-[4-(4-chlorophenyl)-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-3-yl]pyrazolidin-1-yl}-3,3-difluoro-4-oxobutanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
9D3C Gly-,Glu-,(S)-(+)-ketamine bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa）
链 C 23–847（825 aa）
突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
9GIB NMDA bound to compound 380 提交 2024-08-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 394–544（151 aa）
链 B 663–800（138 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1ILP (2~{R})-2-azanyl-3-[[3-(5-ethyl-1,2-oxazol-4-yl)-5-fluoranyl-phenyl]carbonylamino]propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；282.15 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 1 mM sodium azide, 1% tryptone
分辨率 1.95 Å R-free 0.256
9GIC NMDA bound to compound 345 提交 2024-08-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 394–544（151 aa）
链 A 663–801（139 aa）
未记录 A1ILQ (2~{R})-2-azanyl-3-[[3-(phenylmethyl)-2~{H}-thiophen-5-yl]carbonylamino]propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；282.15 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7 and 0.2 M lithium sulfate
分辨率 1.82 Å R-free 0.221
9GID NMDA bound to compound 338 提交 2024-08-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 394–544（151 aa）
链 A 663–801（139 aa）
未记录 A1ILT (2~{R})-2-azanyl-3-[(7-bromanyl-4-fluoranyl-3~{H}-1-benzothiophen-2-yl)carbonylamino]propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；282.15 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7 and 0.2 M lithium sulfate
分辨率 2.00 Å R-free 0.260
9GIE NMDA bound to compound 315 提交 2024-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 394–544（151 aa）
链 A 663–801（139 aa）
链 B 394–544（151 aa）
链 B 663–801（139 aa）
未记录 A1ILS (2~{R})-2-azanyl-3-[[4-(2-ethylphenyl)-2,3-dihydro-1~{H}-indol-2-yl]carbonylamino]propanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；282.15 K；24% PEG 3350 and 0.1 M hepes pH 7.5
分辨率 2.36 Å R-free 0.260
9GIF NMDA bound to compound 288 提交 2024-08-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 394–544（151 aa）
链 A 663–801（139 aa）
未记录 A1ILR (2~{R})-2-azanyl-3-(2~{H}-thiophen-5-ylcarbonylamino)propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；282.15 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7 and 0.2 M lithium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.214
9GIG NMDA bound to compound 387 提交 2024-08-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 394–544（151 aa）
链 B 663–800（138 aa）
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1ILO (2~{R})-2-azanyl-3-[[3-(5-ethyl-3-methyl-1,2-oxazol-4-yl)-5-fluoranyl-phenyl]carbonylamino]propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；282.15 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 1 mM sodium azide, 1% tryptone
分辨率 2.09 Å R-free 0.257
9GJ1 NMDA bound to compound 339 提交 2024-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 394–544（151 aa）
链 B 663–800（138 aa）
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 A1IME (2~{R})-2-azanyl-3-[(7-methylthieno[3,2-b]pyridin-2-yl)carbonylamino]propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；282.15 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 1 mM sodium azide, 1% tryptone
分辨率 1.62 Å R-free 0.230
9IYP Structure of the human GluN1-N2B NMDA receptors in the Mg2+ bound state 提交 2024-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 27–840（814 aa）
链 C 27–840（814 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å
9IYQ Structure of the human GluN1-N2B NMDA receptors in the Mg2+ free state 提交 2024-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
9MUL Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with Compound 1, Glycine and Glutamate 提交 2025-01-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 394–544（151 aa）
链 A 663–800（138 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1BRA 5-[(3-chlorobenzene-1-sulfonyl)methoxy]-6-methyl-N-[(pyridin-3-yl)methyl]pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG-3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.252
9MUM Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with Compound 11, Glycine and Glutamate 提交 2025-01-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 394–544（151 aa）
链 A 663–800（138 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1BRB 5-[2-(3-chlorophenyl)-2,2-difluoroethoxy]-N-[1-(pyrazin-2-yl)cyclopropyl]pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG-3350
分辨率 1.97 Å R-free 0.241
9OOQ Closed state of Gly/Glu/24S-HC bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 18–847（830 aa）
链 C 18–847（830 aa）
突变：C22S,R844N,R845G,K846A 突变：C22S,R844N,R845G,K846A GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1CE1 24S-hydroxycholesterol × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9OOR Open state Gly/Glu/24S-HC bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 18–847（830 aa）
链 C 18–847（830 aa）
突变：C22S,R844N,R845G,K846A 突变：C22S,R844N,R845G,K846A GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1CE1 24S-hydroxycholesterol × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
9OOS Non-active state of Gly/Glu/Pregnenolone Sulfate bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 18–847（830 aa）
链 C 18–847（830 aa）
突变：C22S,R844N,R845G,K846A 突变：C22S,R844N,R845G,K846A GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A8W Pregnenolone sulfate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9OOT Pre-active state of Gly/Glu/Pregnenolone Sulfate bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 18–847（830 aa）
链 C 18–847（830 aa）
突变：C22S,R844N,R845G,K846A 突变：C22S,R844N,R845G,K846A GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A8W Pregnenolone sulfate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
9PQH NMR Structure of Ca2+/Calmodulin bound to the GluN1 C0 domain of the NMDA receptor 提交 2025-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–938（938 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 1
NMR样品组成 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Calmodulin, 1.0 mM GluN1 C0, 1 mM Calcium chloride, 20 mM [U-99% 2H] TRIS, 93 % H2O, 7 % [U-2H] D2O, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Calmodulin, 1.0 mM GluN1 C0, 1 mM Calcium chloride, 20 mM [U-99% 2H] TRIS, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供

共 83 个其他 PDB 条目、86 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NMDZ1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–841； UniProt 1–841 作者链 C； PDB构建体 1–841； UniProt 1–841

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

Homo sapiens

UniProt Q13224

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 27–852 链 D； UniProt 27–852 未记录 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 × 2 （Q05586） Light chain × 2 Heavy chain × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 10FN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
10EX SK5A-Matured apo state in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 59–845（787 aa）
链 D 59–845（787 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.08 Å
10EY SK5B-Matured in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 27–852（826 aa）
链 D 27–852（826 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
10EZ SK3D-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 27–852（826 aa）
链 D 27–852（826 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.76 Å
10FD SK5G-Matured in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 27–852（826 aa）
链 D 27–852（826 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
10FE OX1-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 27–852（826 aa）
链 D 27–852（826 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
10FF SK5A-Matured glycine/glutamate in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 27–852（826 aa）
链 D 27–852（826 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.06 Å
10FL SK5G-Germline 提交 2026-01-16 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 27–852（826 aa）
链 D 27–852（826 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.81 Å
10FO SK5B-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-16 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 27–852（826 aa）
链 D 27–852（826 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.46 Å
5EWJ CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH IFENPRODIL 提交 2015-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 31–394（364 aa） 片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394)
突变：N348D NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 2.77 Å R-free 0.211
5EWJ CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH IFENPRODIL 提交 2015-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 31–394（364 aa） 片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394)
突变：N348D NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 2.77 Å R-free 0.211
5EWL CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH MK-22 提交 2015-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 31–394（364 aa） 片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394)
突变：N348D NA SODIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 5SL ~{N}-[(1~{S},3~{S})-3-[3-[(4-methylphenyl)methyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]cyclopentyl]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 2.98 Å R-free 0.217
5EWL CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH MK-22 提交 2015-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 31–394（364 aa） 片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394)
突变：N348D NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 5SL ~{N}-[(1~{S},3~{S})-3-[3-[(4-methylphenyl)methyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]cyclopentyl]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 2.98 Å R-free 0.217
5EWM CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH EVT-101 提交 2015-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 31–394（364 aa） 片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394)
突变：N348D NA SODIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 5SM 5-[3-[bis(fluoranyl)methyl]-4-fluoranyl-phenyl]-3-[(2-methylimidazol-1-yl)methyl]pyridazine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 2.76 Å R-free 0.211
5EWM CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH EVT-101 提交 2015-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 31–394（364 aa） 片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394)
突变：N348D NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 5SM 5-[3-[bis(fluoranyl)methyl]-4-fluoranyl-phenyl]-3-[(2-methylimidazol-1-yl)methyl]pyridazine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 2.76 Å R-free 0.211
7EU8 Structure of the human GluN1-GluN2B NMDA receptor in complex with S-ketamine,glycine and glutamate 提交 2021-05-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–842（842 aa）
链 D 1–842（842 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.07 Å
7KL0 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1289–1310（22 aa）
突变：S1303D UZD methyl 6-O-(heptylcarbamoyl)-beta-L-altropyranoside × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 6000, 19mM HECAMEG
分辨率 2.40 Å R-free 0.258
7KL0 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1289–1310（22 aa）
突变：S1303D UZD methyl 6-O-(heptylcarbamoyl)-beta-L-altropyranoside × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 6000, 19mM HECAMEG
分辨率 2.40 Å R-free 0.258
7KL1 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1289–1310（22 aa）
突变：S1303D EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 6000, 19mM HECAMEG
分辨率 2.40 Å R-free 0.258
7KL1 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1289–1310（22 aa）
突变：S1303D EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 6000, 19mM HECAMEG
分辨率 2.40 Å R-free 0.258
7KL2 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1289–1310（22 aa）
突变：S1303D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7, 20% PEG 3350
分辨率 2.56 Å R-free 0.293
7UIS Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2022-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1289–1310（22 aa）
突变：S1303D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M Bis-tris propane pH 6.5, 0.2 M Sodium chloride, 25% PEG 3350
分辨率 2.58 Å R-free 0.268
7UJP Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1289–1310（22 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane, 0.1 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 19mM Methyl 6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside
分辨率 2.56 Å R-free 0.281
7UJP Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1289–1310（22 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane, 0.1 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 19mM Methyl 6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside
分辨率 2.56 Å R-free 0.281
7UJQ Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1289–1310（22 aa）
未记录 UZD methyl 6-O-(heptylcarbamoyl)-beta-L-altropyranoside × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane, 0.1 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 19mM Methyl 6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside
分辨率 2.25 Å R-free 0.271
7UJQ Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1289–1310（22 aa）
未记录 UZD methyl 6-O-(heptylcarbamoyl)-beta-L-altropyranoside × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane, 0.1 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 19mM Methyl 6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside
分辨率 2.25 Å R-free 0.271
7UJR Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1289–1310（22 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 3350, 5% Ethanol
分辨率 1.95 Å R-free 0.252
7UJS Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B in complex with ADP 提交 2022-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1289–1310（22 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 3350
分辨率 2.75 Å R-free 0.262
7UJT Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) in complex with ATP 提交 2022-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1289–1310（22 aa）
突变：S1303D ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.2 M Sodium chloride, 25% PEG 3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.246
8VUU Human GluN1-2B with Fab 007-168 提交 2024-01-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 31–845（815 aa）
链 D 31–845（815 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
8VUV Human GluN1-2B with Fab 007-168 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 31–387（357 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å
9D37 Nonactive state of Gly-,Glu- bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 27–852（826 aa）
突变：C838S, C849S, C588S GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
9D38 Open state of Gly-,Glu-,EU1622-240 bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 27–852（826 aa）
突变：C588S, C838S, C849S GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.95 Å
9D39 Gly-,PPDA- bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 27–852（826 aa）
突变：C588S, C838S, C849S GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2JL (2S,3R)-1-(phenanthren-2-ylcarbonyl)piperazine-2,3-dicarboxylic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.65 Å
9D3A Nonactive state of Gly-,Glu- bound GluN1a-2B-2D NMDAR (Low-res) 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 27–852（826 aa）
突变：C838S, C849S GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.78 Å
9D3B Gly-,Glu-,(S)-DQP-997-74 bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 27–852（826 aa）
突变：C588S, C838S, C849S GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1A15 4-{(3R,5S)-5-(4-chlorophenyl)-3-[4-(4-chlorophenyl)-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-3-yl]pyrazolidin-1-yl}-3,3-difluoro-4-oxobutanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
9D3C Gly-,Glu-,(S)-(+)-ketamine bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 27–852（826 aa）
突变：S588C, C838S, C849S GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
9IYP Structure of the human GluN1-N2B NMDA receptors in the Mg2+ bound state 提交 2024-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 35–842（808 aa）
链 D 35–842（808 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å
9IYQ Structure of the human GluN1-N2B NMDA receptors in the Mg2+ free state 提交 2024-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–842（842 aa）
链 D 1–842（842 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
9OOQ Closed state of Gly/Glu/24S-HC bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 27–852（826 aa）
链 D 27–852（826 aa）
突变：C588S,C838S,C849S 突变：C588S,C838S,C849S GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1CE1 24S-hydroxycholesterol × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9OOR Open state Gly/Glu/24S-HC bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 27–852（826 aa）
链 D 27–852（826 aa）
突变：C588S,C838S,C849S 突变：C588S,C838S,C849S GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1CE1 24S-hydroxycholesterol × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
9OOS Non-active state of Gly/Glu/Pregnenolone Sulfate bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 27–852（826 aa）
链 D 27–852（826 aa）
突变：C588S,C838S,C849S 突变：C588S,C838S,C849S GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A8W Pregnenolone sulfate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9OOT Pre-active state of Gly/Glu/Pregnenolone Sulfate bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 27–852（826 aa）
链 D 27–852（826 aa）
突变：C588S,C838S,C849S 突变：C588S,C838S,C849S GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A8W Pregnenolone sulfate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å

共 35 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NMDE2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–826； UniProt 27–852 作者链 D； PDB构建体 1–826； UniProt 27–852

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 10fn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 10fn
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id10fn
沉积日期 deposition_date2026-01-16
结构标题 titleSK5A-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement
关键词 keywordsNMDAR, antibody, SIGNALING PROTEIN, SIGNALING PROTEIN-Immune System complex; SIGNALING PROTEIN/Immune System
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier58.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron58.30 Å
零角强度 I(0) i01921220000.00
分子量 molecular_weight368930.0 kDa
排除体积 excluded_volume461970 ų
包络体积 envelope_volume688300 ų
水化壳体积 shell_volume103660 ų
包络直径 envelope_diameter204.0 Å
壳层 Rg shell_rg56.62 Å
包络 Rg envelope_rg56.76 Å
形状 Rg shape_rg58.29 Å
总 Rg total_rg58.29 Å
总原子数 total_atoms26023
残基数 n_residues3535
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax202.3 Å
Rg (实空间) rg_real58.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.25 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9210e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2600e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal58.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1921000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8750
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary67.4 Å
偏度 Skewness skewness0.296
峰度 Kurtosis kurtosis-0.434
角度范围 angular_range— – 0.1350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha119000000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.806
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)