SAXSdb — 10lg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Positive transcriptional regulator MutR family

Streptococcus thermophilus LMG 18311

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–284	未记录	Rgg3bp13 peptide × 1 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；100 mM sodium citrate pH 5.2, 300 mM Na/K tartrate, and 1.4 M ammonium sulfate	分辨率 1.87 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 10LG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6W1E Crystal structure of Streptococcus thermophilus SHP pheromone receptor Rgg3 提交 2020-03-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–284（284 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.2；298 K；100 mM sodium citrate, 300 mM Na/K tartrate, and 1.4 M ammonium sulfate	分辨率 2.20 Å R-free 0.309
6W1F Crystal structure of Streptococcus thermophilus SHP pheromone receptor Rgg3 bound to DNA 提交 2020-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–284（284 aa）链 B 1–284（284 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；298 K；170 mM ammonium acetate, 85 mM sodium citrate, 22% PEG 4,000, and 15% glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
7JI0 CryoEM structure of Streptococcus thermophilus SHP pheromone receptor Rgg3 in complex with SHP3 提交 2020-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–284（284 aa）链 B 1–284（284 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；2.5 microliters Rgg3St-SHP3 was applied to glow-discharged UltraAuFoil (1.2/1.3) 300-mesh grids (Quantifoil), blotted with filter paper for 3-3.5 s, and flash-frozen by plunging in liquid ethane cooled with liquid nitrogen. Grids were stored in liquid nitrogen.	分辨率 2.95 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5M4D0_STRT2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–284； UniProt 1–284

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	10lg
沉积日期 deposition_date	2026-01-26
最后修订 last_revision	2026-02-04
结构标题 title	Crystal structure of Streptococcus thermophilus SHP pheromone receptor Rgg3 in complex with Rgg3bp13
关键词 keywords	DNA Binding Protein, RRNPP Protein, Quorum Sensing, Peptide Inhibitor; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.94 Å
零角强度 I(0) i0	20051000.00
分子量 molecular_weight	34346.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43119 Å³
包络体积 envelope_volume	53233 Å³
水化壳体积 shell_volume	20761 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.0 Å
壳层 Rg shell_rg	28.18 Å
包络 Rg envelope_rg	23.31 Å
形状 Rg shape_rg	22.91 Å
总 Rg total_rg	23.72 Å
总原子数 total_atoms	4795
残基数 n_residues	286
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20050000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8405
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.500
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.258
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4766000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.755; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.803; Smooth: 0.854

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Positive transcriptional regulator MutR family
分子量 formula_weight	33242.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4931

MKSKLGSTLRKVRNGKQISICSVADEHLSKSQISRFERGESEISCIRLINILDKLHITLDEFLILHDEDYTKTESFANLVQYIRKQYSLQNINNIQSLLSDSSNYTLDPFEKTMVKSILHTMDSSIIPSDDELLQLADYLFKVEKWGYYEIILLGNCVRTIDYNSVFLLTKEMLNNYIYSSLNKTNKRIVTQLAINCLILSIDMEEFTNCFYLIDEIKALLDNELNFYEQTVFLYATGYFEFKRWQSTSGIEKMKQAIQVLDILGEDNLKLHYTIHFDKLINNK

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus LMG 18311
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	264199
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Rgg3bp13 peptide
分子量 formula_weight	2127.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SLTDDLWRAMMEAWMRL

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	122

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.678 Å
晶胞边长 b length_b	111.678 Å
晶胞边长 c length_c	50.749 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	1.870 Å
最低分辨率 resolution_low	19.940 Å
R 因子 r_factor	0.1865
R_work r_work	0.1830
R_free r_free	0.2177

fit	/app/data/saxs_computation/0l/10lg/10lg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/0l/10lg/10lg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/0l/10lg/10lg.dat

Crystal structure of Streptococcus thermophilus SHP pheromone receptor Rgg3 in complex with Rgg3bp13

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Positive transcriptional regulator MutR family

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)