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10rk

Heparin-induced trans tetrameric complex of VEGF, VEGFR2 and Neuropilin 1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 225.8 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuropilin-1

Mus musculus

UniProt P97333

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 4 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 22–855 链 F； UniProt 22–855 链 K； UniProt 22–855 链 L； UniProt 22–855 未记录 Isoform VEGF-1 of Vascular endothelial growth factor A, long form × 4 （Q00731） Vascular endothelial growth factor receptor 2 × 4 （P35918） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose ; × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.65 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 10RK Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
10RI Dimeric complex of VEGF, VEGFR2 and Neuropilin 1 提交 2026-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 22–855（834 aa）
链 F 22–855（834 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.60 Å
10RJ Heparin-induced cis tetrameric complex of VEGF, VEGFR2 and Neuropilin 1 提交 2026-02-03 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 E 22–855（834 aa）
链 F 22–855（834 aa）
链 K 22–855（834 aa）
链 L 22–855（834 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.34 Å
4GZ9 Mouse Neuropilin-1, extracellular domains 1-4 (a1a2b1b2) 提交 2012-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–586（565 aa） 片段：UNP RESIDUES 22-586
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES, pH 7.5, 1.5M lithium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.223
4GZ9 Mouse Neuropilin-1, extracellular domains 1-4 (a1a2b1b2) 提交 2012-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–586（565 aa） 片段：UNP RESIDUES 22-586
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES, pH 7.5, 1.5M lithium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.223
4GZA Complex of mouse Plexin A2 - Semaphorin 3A - Neuropilin-1 提交 2012-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 H 22–586（565 aa） 片段：UNP RESIDUES 22-586
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；70mM HEPES, pH 7.5, 1.4% w/v PEG 400, 12% v/v glycerol, 1.4M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；70mM HEPES, pH 7.5, 1.4% w/v PEG 400, 12% v/v glycerol, 1.4M ammonium sulphate, 1% v/v ethyl acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；70mM HEPES, pH 7.5, 1.4% w/v PEG 400, 12% v/v glycerol, 1.4M ammonium sulphate, 8% v/v acetonitrile , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 7.00 Å R-free 0.285
7M0R Cryo-EM structure of the Sema3A/PlexinA4/Neuropilin 1 complex 提交 2021-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 22–588（567 aa）
链 F 22–588（567 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NRP1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 4–837； UniProt 22–855 作者链 F； PDB构建体 4–837； UniProt 22–855 作者链 K； PDB构建体 4–837； UniProt 22–855 作者链 L； PDB构建体 4–837； UniProt 22–855

Isoform VEGF-1 of Vascular endothelial growth factor A, long form

Mus musculus

UniProt Q00731

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 4 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 27–190 链 B； UniProt 27–190 链 G； UniProt 27–190 链 H； UniProt 27–190 未记录 Neuropilin-1 × 4 （P97333） Vascular endothelial growth factor receptor 2 × 4 （P35918） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose ; × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.65 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 10RK Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
10RI Dimeric complex of VEGF, VEGFR2 and Neuropilin 1 提交 2026-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 27–190（164 aa）
链 B 27–190（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.60 Å
10RJ Heparin-induced cis tetrameric complex of VEGF, VEGFR2 and Neuropilin 1 提交 2026-02-03 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 27–190（164 aa）
链 B 27–190（164 aa）
链 G 27–190（164 aa）
链 H 27–190（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.34 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VEGFA_MOUSE
Isoform Q00731-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 12–175； UniProt 27–190 作者链 B； PDB构建体 12–175； UniProt 27–190 作者链 G； PDB构建体 12–175； UniProt 27–190 作者链 H； PDB构建体 12–175； UniProt 27–190

Vascular endothelial growth factor receptor 2

Mus musculus

UniProt P35918

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 4 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 20–760 链 D； UniProt 20–760 链 I； UniProt 20–760 链 J； UniProt 20–760 未记录 Neuropilin-1 × 4 （P97333） Isoform VEGF-1 of Vascular endothelial growth factor A, long form × 4 （Q00731） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose ; × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.65 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 10RK Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
10RI Dimeric complex of VEGF, VEGFR2 and Neuropilin 1 提交 2026-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 20–760（741 aa）
链 D 20–760（741 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.60 Å
10RJ Heparin-induced cis tetrameric complex of VEGF, VEGFR2 and Neuropilin 1 提交 2026-02-03 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 C 20–760（741 aa）
链 D 20–760（741 aa）
链 I 20–760（741 aa）
链 J 20–760（741 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.34 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VGFR2_MOUSE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 4–744； UniProt 20–760 作者链 D； PDB构建体 4–744； UniProt 20–760 作者链 I； PDB构建体 4–744； UniProt 20–760 作者链 J； PDB构建体 4–744； UniProt 20–760

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 10rk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 10rk
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id10rk
沉积日期 deposition_date2026-02-03
结构标题 titleHeparin-induced trans tetrameric complex of VEGF, VEGFR2 and Neuropilin 1
关键词 keywordsVEGF, VEGFR, neuropilin, heparin, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier85.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron86.50 Å
零角强度 I(0) i05034010000.00
分子量 molecular_weight591070.0 kDa
排除体积 excluded_volume735710 ų
包络体积 envelope_volume1428800 ų
水化壳体积 shell_volume153240 ų
包络直径 envelope_diameter358.3 Å
壳层 Rg shell_rg71.47 Å
包络 Rg envelope_rg84.94 Å
形状 Rg shape_rg86.52 Å
总 Rg total_rg86.17 Å
总原子数 total_atoms81918
残基数 n_residues5196
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax225.8 Å
Rg (实空间) rg_real79.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real4.7870e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.9810e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal82.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4993000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9198
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary87.8 Å
偏度 Skewness skewness0.309
峰度 Kurtosis kurtosis-0.472
角度范围 angular_range— – 0.0900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.6153
最高正则化参数 α highest_alpha290600000.0000
实空间数据点数 n_real_points19
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.003; Oscil: 0.997; Stabil: 0.985; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.017
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)