SAXSdb — 11ha

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein VP1

Norovirus GII.4 Sydney 2012

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 221–530 链 B； UniProt 221–530	未记录	24C10 Light Chain × 2 24C10 Heavy Chain × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297.15 K；0.2 M HEPES: NaOH, pH 7.5, 8 % (w/v) PEG 8000, 8 % (v/v) Ethylene Glycol	分辨率 2.70 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 11HA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
11HB Crystal structure of a GII.4 norovirus capsid P domain in complex with neutralizing antibody 17A5 提交 2026-02-23	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 221–530（310 aa）链 E 221–530（310 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；297.15 K；0.1M Sodium Acetate, 2M Sodium formate	分辨率 3.36 Å R-free 0.300
11HB Crystal structure of a GII.4 norovirus capsid P domain in complex with neutralizing antibody 17A5 提交 2026-02-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 221–530（310 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；297.15 K；0.1M Sodium Acetate, 2M Sodium formate	分辨率 3.36 Å R-free 0.300

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1P8DD09_NORV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–311； UniProt 221–530 作者链 B； PDB构建体 2–311； UniProt 221–530

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	11ha
沉积日期 deposition_date	2026-02-23
最后修订 last_revision	2026-05-27
结构标题 title	Crystal structure of a GII.4 norovirus capsid P domain in complex with neutralizing antibody 24C10
关键词 keywords	Norovirus GII.4, P domain, Capsid protein, Antibody, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.41 Å
零角强度 I(0) i0	387045000.00
分子量 molecular_weight	158630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	197130 Å³
包络体积 envelope_volume	259840 Å³
水化壳体积 shell_volume	53623 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.9 Å
壳层 Rg shell_rg	44.58 Å
包络 Rg envelope_rg	42.76 Å
形状 Rg shape_rg	42.36 Å
总 Rg total_rg	42.66 Å
总原子数 total_atoms	11177
残基数 n_residues	1451
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.2 Å
Rg (实空间) rg_real	42.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	387000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8140
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.370
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.613
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	50490000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.878; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.946; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Major capsid protein VP1
分子量 formula_weight	34560.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11185

GESRTKPFSVPVLTVEEMTNSRFPIPLEKLFTGPSSAFVVQPQNGRCTTDGVLLGTTQLSPVNICNFRGDVTHITGSRNYTMNLASQNWNNYDPTEEIPAPLGTPDFVGKIQGMLTQTTRTDGSTRGHKATVYTGSADFAPKLGRVQFETDTDHDFEANQNTKFTPVGVIQDGSTTHRNEPQQWVLPSYSGRNTHNVHLAPAVAPTFPGEQLLFFRSTMPGCSGYPNMDLDCLLPQEWVQYFYQEAAPAQSDVALLRFVNPDTGRVLFECKLHKSGYVTVAHTGQHDLVIPPNGYFRFDSWVNQFYTLAPM

来源 Source

来源生物 organism	Norovirus GII.4 Sydney 2012
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1776356
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	24C10 Light Chain
分子量 formula_weight	23352.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,K

QIVLTQSPAIMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMHWYQQKSGTSPKRWIYDTSKLASGVPARFSGSGSGTSYSLTISSMEAEDAATYYCQQWSSNPYTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	24C10 Heavy Chain
分子量 formula_weight	24661.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,G

QVQLQQSGAELMKPGASVKISCKATGYTFSSYWIEWVKQRPGHGLEWIGEILPGSGSTNYNEKFKGKATFTADTSSNTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARSWGFPYYAIDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPRPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.117 Å
晶胞边长 b length_b	56.428 Å
晶胞边长 c length_c	182.117 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	47.780 Å
R 因子 r_factor	0.2099
R_work r_work	0.2084
R_free r_free	0.2455

fit	/app/data/saxs_computation/1h/11ha/11ha.fit
pddf	/app/data/pr_computation/1h/11ha/11ha.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/1h/11ha/11ha.dat

Crystal structure of a GII.4 norovirus capsid P domain in complex with neutralizing antibody 24C10

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)