SAXSdb — 13iq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chaperone protein DnaK

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 389–600	未记录	TELAPREVIR, unbound form × 1 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.87 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 13IQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
13IU E. coli DnaK bound to peptide PA9 提交 2026-05-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 389–607（219 aa）	未记录	A1DF0 peptide PA9 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M NH4F and 2.2 M (NH4)2SO4	分辨率 1.87 Å R-free 0.263
13IV E. coli DaK bound to peptide PA1, structure A 提交 2026-05-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 389–607（219 aa）	未记录	A1DFX peptide PA1-A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M Na2SO4 and 2.2 M (NH4)2SO4	分辨率 3.23 Å R-free 0.296
13IV E. coli DaK bound to peptide PA1, structure A 提交 2026-05-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 389–607（219 aa）	未记录	A1DFX peptide PA1-A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M Na2SO4 and 2.2 M (NH4)2SO4	分辨率 3.23 Å R-free 0.296
13JG E. coli DnaK bound to peptide PA1, structure B 提交 2026-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 389–607（219 aa）	未记录	A1DFX peptide PA1-A × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M NH4F and 2.4 M (NH4)2SO4	分辨率 1.52 Å R-free 0.222
13JK E. coli DnaK bound to peptide PA5 提交 2026-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 389–607（219 aa）	未记录	A1DHT peptide PA5 × 1 IOD IODIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M NH4I, 2.2 M (NH4)2SO4	分辨率 2.62 Å R-free 0.284
13JK E. coli DnaK bound to peptide PA5 提交 2026-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 389–607（219 aa）	未记录	A1DHT peptide PA5 × 1 IOD IODIDE ION × 8 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M NH4I, 2.2 M (NH4)2SO4	分辨率 2.62 Å R-free 0.284

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNAK_ECO57
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–212； UniProt 389–600

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	13iq
沉积日期 deposition_date	2026-05-07
最后修订 last_revision	2026-06-03
结构标题 title	E. coli DnaK bound to Telaprevir
关键词 keywords	Complex, allosteric inhibition, DnaK, molecular chaperones, peptidomimetics, proteotoxic stress, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.78 Å
零角强度 I(0) i0	18958400.00
分子量 molecular_weight	21193.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19972 Å³
包络体积 envelope_volume	34979 Å³
水化壳体积 shell_volume	15712 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.4 Å
壳层 Rg shell_rg	24.90 Å
包络 Rg envelope_rg	20.25 Å
形状 Rg shape_rg	19.76 Å
总 Rg total_rg	20.38 Å
总原子数 total_atoms	1585
残基数 n_residues	204
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.4 Å
Rg (实空间) rg_real	20.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18960000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7503
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.465
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.099
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4293000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.654; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.787; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chaperone protein DnaK
分子量 formula_weight	23042.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1652

VLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKFEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLME

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	TELAPREVIR, unbound form
分子量 formula_weight	679.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	57

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.769 Å
晶胞边长 b length_b	93.304 Å
晶胞边长 c length_c	109.332 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.870 Å
最低分辨率 resolution_low	34.000 Å
R 因子 r_factor	0.2513
R_work r_work	0.2504
R_free r_free	0.2681

fit	/app/data/saxs_computation/3i/13iq/13iq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/3i/13iq/13iq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/3i/13iq/13iq.dat

E. coli DnaK bound to Telaprevir

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chaperone protein DnaK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction