186d

SOLUTION STRUCTURE OF THE TETRAHYMENA TELOMERIC REPEAT D(T2G4)4 G-TETRAPLEX

Method: SOLUTION NMR Dmax: 38.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息,但缺少统一蛋白身份时,不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly 聚集状态 实体与构建体证据 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 纯核酸 不含蛋白 蛋白 0 / DNA 1 / RNA 0 / 其他聚合物 0 PDB 声明:monomeric 实体 1:;DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3') ; × 1 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间 未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率未提供

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 186d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 186d
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id186d
沉积日期 deposition_date1994-08-22
结构标题 titleSOLUTION STRUCTURE OF THE TETRAHYMENA TELOMERIC REPEAT D(T2G4)4 G-TETRAPLEX
关键词 keywordsDNA; DNA
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier10.65
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.51
零角强度 I(0) i0120085000.00
分子量 molecular_weight53628.0 kDa
排除体积 excluded_volume51347 ų
包络体积 envelope_volume12366 ų
水化壳体积 shell_volume9257 ų
包络直径 envelope_diameter37.6
壳层 Rg shell_rg16.98
包络 Rg envelope_rg11.80
形状 Rg shape_rg10.31
总 Rg total_rg11.03
总原子数 total_atoms5481
残基数 n_residues168
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax38.8
Rg (实空间) rg_real10.58
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35
I(0) (实空间) i0_real1.2010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal10.59
I(0) (倒空间) i0_reciprocal120100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8309
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary13.2
偏度 Skewness skewness0.172
峰度 Kurtosis kurtosis-0.363
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha615000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.609; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)