1914

SIGNAL RECOGNITION PARTICLE ALU RNA BINDING HETERODIMER, SRP9/14

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9/14 FUSION PROTEIN

Mus musculus

UniProt P16254

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–110 片段:ALU RNA BINDING HETERODIMER PO4 PHOSPHATE ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:hanging drop;pH 7.7;277 K;THE SRPPHI14-9 PROTEIN WAS CRYSTALLIZED (BIRSE ET AL., FEBS LETTERS, 1996) BY THE HANGING DROP METHOD IN 2.0 M NAH2/K2H PO4, PH 7.7, 2% MPD, 1.0 MM NAN3 AT 4 DEGREES C WITH A FINAL PROTEIN CONCENTRATION OF 5-8 MG ML-1. CRYSTALS FORMED OVER 2-3 WEEKS AND WERE TYPICALLY 150 X 150 X 300 MM3 IN SPACE, hanging drop, temperature 277K 分辨率 2.53 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SR14_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 20–129; UniProt 1–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1914

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1914
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1914
沉积日期 deposition_date1997-11-13
结构标题 titleSIGNAL RECOGNITION PARTICLE ALU RNA BINDING HETERODIMER, SRP9/14
关键词 keywordsALU DOMAIN, RNA BINDING, SIGNAL RECOGNITION PARTICLE (SRP), TRANSLATION REGULATION; ALU DOMAIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.80
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.48
零角强度 I(0) i07593760.00
分子量 molecular_weight19938.0 kDa
排除体积 excluded_volume25032 ų
包络体积 envelope_volume30028 ų
水化壳体积 shell_volume15366 ų
包络直径 envelope_diameter64.2
壳层 Rg shell_rg22.80
包络 Rg envelope_rg17.45
形状 Rg shape_rg16.47
总 Rg total_rg17.66
总原子数 total_atoms1392
残基数 n_residues171
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.3
Rg (实空间) rg_real17.79
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real7.5940e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.79
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7594000.0000
解质量估计 total_estimate0.8145
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.4
偏度 Skewness skewness0.421
峰度 Kurtosis kurtosis0.140
角度范围 angular_range— – 0.4450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2080000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.546; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.992

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1914a1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.49 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, SRP9/14
超家族 Superfamily superfamilyd.49.1 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, SRP9/14
家族 Family familyd.49.1.1 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, SRP9/14
结构域编号 domain_idd1914a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.49 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, SRP9/14
超家族 Superfamily superfamilyd.49.1 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, SRP9/14
家族 Family familyd.49.1.1 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, SRP9/14

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1914A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology720 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)