Enterobacteria phage T7
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 3–349 | 突变：M2V | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 | 分辨率 2.60 Å R-free 0.341 |
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。
| UniProt名称 | DNLI_BPT7 |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 2–348； UniProt 3–349 |
页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。
| 条目编号 entry_id | 1a0i |
| 沉积日期 deposition_date | 1997-12-01 |
| 结构标题 title | ATP-DEPENDENT DNA LIGASE FROM BACTERIOPHAGE T7 COMPLEX WITH ATP |
| 关键词 keywords | LIGASE, DNA REPLICATION; LIGASE |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
| 回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier | 23.73 Å |
| 回转半径 Rg (电子) rg_electron | 23.19 Å |
| 零角强度 I(0) i0 | 25308500.00 |
| 分子量 molecular_weight | 38562.0 kDa |
| 排除体积 excluded_volume | 48221 ų |
| 包络体积 envelope_volume | 57765 ų |
| 水化壳体积 shell_volume | 21560 ų |
| 包络直径 envelope_diameter | 87.0 Å |
| 壳层 Rg shell_rg | 29.16 Å |
| 包络 Rg envelope_rg | 23.61 Å |
| 形状 Rg shape_rg | 23.22 Å |
| 总 Rg total_rg | 23.82 Å |
| 总原子数 total_atoms | 2710 |
| 残基数 n_residues | 332 |
| 球谐函数阶数 n_harmonics | 20 |
| q 范围 q_range | — – 0.5000 Å−1 |
| 数据点数 n_points | 101 |
| 壳层类型 shell_type | directional |
| 溶剂电子密度 solvent_density | 0.3340 e/ų |
| 壳层衬度 contrast_shell | 0.0300 e/ų |
| CRYSOL 版本 crysol_version | 4.1.3 |
| 最大尺寸 Dmax dmax | 85.2 Å |
| Rg (实空间) rg_real | 23.82 Å |
| Rg 误差 (实空间) rg_real_error | 0.77 Å |
| I(0) (实空间) i0_real | 2.5310e+07 |
| I(0) 误差 (实空间) i0_real_error | 3.8820e+05 |
| Rg (倒空间) rg_reciprocal | 23.80 Å |
| I(0) (倒空间) i0_reciprocal | 25310000.0000 |
| 解质量估计 total_estimate | 0.5652 |
| 解质量评级 solution_quality | REASONABLE a REASONABLE solution |
| P(r) 峰数 n_peaks | 3 |
| 主峰位置 r_peak_primary | 23.9 Å |
| 偏度 Skewness skewness | 0.441 |
| 峰度 Kurtosis kurtosis | -0.265 |
| 角度范围 angular_range | — – 0.3350 Å−1 |
| 当前正则化参数 α current_alpha | 0.0000 |
| 最高正则化参数 α highest_alpha | 5588000.0000 |
| 实空间数据点数 n_real_points | 65 |
| GNOM 版本 gnom_version | 4.1.3 |
| 质量判据 quality_criteria | AN1: 0.000; Oscil: 0.699; Stabil: 0.996; Sysdev: 0.154; Positv: 1.000; Valcen: 0.798; Smooth: 0.000 |
| 结构域编号 domain_id | d1a0ia1 |
| 类 Class class | b — All beta proteins |
| 折叠类型 Fold fold | b.40 — OB-fold |
| 超家族 Superfamily superfamily | b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins |
| 家族 Family family | b.40.4.6 — DNA ligase/mRNA capping enzyme postcatalytic domain |
| 结构域编号 domain_id | d1a0ia2 |
| 类 Class class | d — Alpha and beta proteins (a+b) |
| 折叠类型 Fold fold | d.142 — ATP-grasp |
| 超家族 Superfamily superfamily | d.142.2 — DNA ligase/mRNA capping enzyme, catalytic domain |
| 家族 Family family | d.142.2.1 — ATP-dependent DNA ligase catalytic domain |
| 结构域编号 domain_id | 1a0iA01 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 1490 — Dna Ligase; domain 1 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 70 — |
| 结构域编号 domain_id | 1a0iA02 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — Beta Barrel |
| 拓扑 Topology topology | 50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 140 — Nucleic acid-binding proteins |
| 结构域编号 domain_id | 1a0iA03 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 30 — DNA ligase/mRNA capping enzyme |