SAXSdb — 1a1s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE

Pyrococcus furiosus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–315	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4；294 K；THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1M NACL, 100 MM ACETATE, PH 4.0, 21 DEGREES C, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A1S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PVV Refined Structure of Pyrococcus furiosus Ornithine Carbamoyltransferase at 1.87 A 提交 2003-06-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–315（315 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；sodium acetate, ammonium sulfate, glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.87 Å R-free 0.269

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OTC_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–314； UniProt 2–315

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a1s
沉积日期 deposition_date	1997-12-15
结构标题 title	ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE FROM PYROCOCCUS FURIOSUS
关键词 keywords	TRANSCARBAMYLASE; TRANSCARBAMYLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.39 Å
零角强度 I(0) i0	20706000.00
分子量 molecular_weight	34879.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43790 Å³
包络体积 envelope_volume	49353 Å³
水化壳体积 shell_volume	21065 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.7 Å
壳层 Rg shell_rg	25.94 Å
包络 Rg envelope_rg	19.64 Å
形状 Rg shape_rg	19.39 Å
总 Rg total_rg	20.26 Å
总原子数 total_atoms	2454
残基数 n_residues	313
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.7 Å
Rg (实空间) rg_real	20.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3780e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20710000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8237
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.199
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.438
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3964000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1a1sa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.78 — ATC-like
超家族 Superfamily superfamily	c.78.1 — Aspartate/ornithine carbamoyltransferase
家族 Family family	c.78.1.1 — Aspartate/ornithine carbamoyltransferase

结构域编号 domain_id	d1a1sa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.78 — ATC-like
超家族 Superfamily superfamily	c.78.1 — Aspartate/ornithine carbamoyltransferase
家族 Family family	c.78.1.1 — Aspartate/ornithine carbamoyltransferase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1a1sA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1370 — Aspartate/ornithine carbamoyltransferase

结构域编号 domain_id	1a1sA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1370 — Aspartate/ornithine carbamoyltransferase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	186.800 Å
晶胞边长 b length_b	186.800 Å
晶胞边长 c length_c	186.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	F 2 3
空间群编号 int_tables_number	196
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2260
R_free r_free	0.2580

描述 description	ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE
分子量 formula_weight	35098.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.3.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2454

ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE FROM PYROCOCCUS FURIOSUS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

fit	/app/data/saxs_computation/a1/1a1s/1a1s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a1/1a1s/1a1s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a1/1a1s/1a1s.dat