1a1t

STRUCTURE OF THE HIV-1 NUCLEOCAPSID PROTEIN BOUND TO THE SL3 PSI-RNA RECOGNITION ELEMENT, NMR, 25 STRUCTURES

Method: SOLUTION NMR D_max: 66.0 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEOCAPSID PROTEIN

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 378–432	未记录	SL3 STEM-LOOP RNA × 1 ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q75677_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–55； UniProt 378–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a1t
沉积日期 deposition_date	1997-12-15
结构标题 title	STRUCTURE OF THE HIV-1 NUCLEOCAPSID PROTEIN BOUND TO THE SL3 PSI-RNA RECOGNITION ELEMENT, NMR, 25 STRUCTURES
关键词 keywords	NUCLEOCAPSID PROTEIN, COMPLEX (NUCLEOCAPSID PROTEIN-RNA), STEM-LOOP RNA, Viral protein-RNA COMPLEX; Viral protein/RNA
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.28 Å
零角强度 I(0) i0	3160500000.00
分子量 molecular_weight	325930.0 kDa
排除体积 excluded_volume	345330 Å³
包络体积 envelope_volume	30549 Å³
水化壳体积 shell_volume	14537 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.4 Å
壳层 Rg shell_rg	24.24 Å
包络 Rg envelope_rg	19.82 Å
形状 Rg shape_rg	16.21 Å
总 Rg total_rg	16.51 Å
总原子数 total_atoms	37900
残基数 n_residues	1875
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.0 Å
Rg (实空间) rg_real	16.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1610e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5060e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3160000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6913
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.702
峰度 Kurtosis kurtosis	0.138
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	467100.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.294; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.102; Smooth: 1.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SL3 STEM-LOOP RNA
分子量 formula_weight	6477.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	37900

GGACUAGCGGAGGCUAGUCC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NUCLEOCAPSID PROTEIN
分子量 formula_weight	6386.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MQKGNFRNQRKTVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQAN

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1a1ta_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.40 — Retrovirus zinc finger-like domains
超家族 Superfamily superfamily	g.40.1 — Retrovirus zinc finger-like domains
家族 Family family	g.40.1.1 — Retrovirus zinc finger-like domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1a1tA00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	60 — HIV-1 Nucleocapsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc finger, CCHC-type

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/a1/1a1t/1a1t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a1/1a1t/1a1t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a1/1a1t/1a1t.dat

STRUCTURE OF THE HIV-1 NUCLEOCAPSID PROTEIN BOUND TO THE SL3 PSI-RNA RECOGNITION ELEMENT, NMR, 25 STRUCTURES

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEOCAPSID PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)