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1a3d

PHOSPHOLIPASE A2 (PLA2) FROM NAJA NAJA VENOM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 49.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHOLIPASE A2

物种未注明

UniProt P15445

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–119 未记录 NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；295.5 K；1.4M (NH4)2SO4, 1% PEG 400, AND 0.1M TRIS PH 7.5 AT 22.5 DEGREES C., temperature 295.5K 分辨率 1.80 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1A3D Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A3F PHOSPHOLIPASE A2 (PLA2) FROM NAJA NAJA VENOM 提交 1998-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–119（119 aa）
链 B 1–119（119 aa）
链 C 1–119（119 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 295.5 K；UNBUFFERED 32.5% MONOMETHYL PEG 5K AND 0.17M SODIUM CITRATE AT 22.5 DEGREES C., temperature 295.5K
分辨率 2.65 Å R-free 0.260
1OWS Crystal structure of a C49 Phospholipase A2 from Indian cobra reveals carbohydrate binding in the hydrophobic channel 提交 2003-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–118（118 aa）
链 B 4–119（116 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10mM Sodium Cacodylate, 2mM Zinc acetate, 25% Ethanol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.256
1OWS Crystal structure of a C49 Phospholipase A2 from Indian cobra reveals carbohydrate binding in the hydrophobic channel 提交 2003-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–118（118 aa）
链 B 4–119（116 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10mM Sodium Cacodylate, 2mM Zinc acetate, 25% Ethanol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.256
1OWS Crystal structure of a C49 Phospholipase A2 from Indian cobra reveals carbohydrate binding in the hydrophobic channel 提交 2003-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–118（118 aa）
链 B 4–119（116 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10mM Sodium Cacodylate, 2mM Zinc acetate, 25% Ethanol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.256
1PSH CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOLIPASE A2 FROM INDIAN COBRA REVEALS A TRIMERIC ASSOCIATION 提交 1992-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–119（119 aa）
链 B 1–119（119 aa）
链 C 1–119（119 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
2WQ5 Non-antibiotic properties of tetracyclines: structural basis for inhibition of secretory phospholipase A2. 提交 2009-08-13 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–119（119 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 3 MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 26% PEG 4000, 0.24M (NH4)2SO4
分辨率 1.65 Å R-free 0.230

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PA2_NAJNA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–119； UniProt 1–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1a3d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1a3d
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1a3d
沉积日期 deposition_date1998-01-20
结构标题 titlePHOSPHOLIPASE A2 (PLA2) FROM NAJA NAJA VENOM
关键词 keywordsPHOSPHOLIPASE, TRIMER, CALCIUM BINDING, ACTIVATOR SITE, CARBOXYLIC ESTER HYDROLASE; CARBOXYLIC ESTER HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.21 Å
零角强度 I(0) i04145940.00
分子量 molecular_weight13366.0 kDa
排除体积 excluded_volume16147 ų
包络体积 envelope_volume18251 ų
水化壳体积 shell_volume11260 ų
包络直径 envelope_diameter48.2 Å
壳层 Rg shell_rg19.39 Å
包络 Rg envelope_rg14.49 Å
形状 Rg shape_rg14.20 Å
总 Rg total_rg15.23 Å
总原子数 total_atoms929
残基数 n_residues119
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax49.7 Å
Rg (实空间) rg_real15.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real4.1460e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8160e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4146000.0000
解质量估计 total_estimate0.8943
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.0 Å
偏度 Skewness skewness0.273
峰度 Kurtosis kurtosis-0.389
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha987000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.992
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1a3da_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamilya.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family familya.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1a3dA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Phospholipase A2 domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)