SAXSdb — 1a3w

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PYRUVATE KINASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–500 链 B； UniProt 1–500	未记录	PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 4 FBP 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 K POTASSIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.323

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A3W	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A3X PYRUVATE KINASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE COMPLEXED WITH PG, MN2+ AND K+ 提交 1998-01-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–500（500 aa）链 B 1–500（500 aa）	未记录	PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 K POTASSIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；28-33% (W/V) PEG 8000, 200 MM SODIUM ACETATE, 100MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.341
1A3X PYRUVATE KINASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE COMPLEXED WITH PG, MN2+ AND K+ 提交 1998-01-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–500（500 aa）链 B 1–500（500 aa）	未记录	PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；28-33% (W/V) PEG 8000, 200 MM SODIUM ACETATE, 100MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.341

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KPYK1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–500； UniProt 1–500 作者链 B； PDB构建体 1–500； UniProt 1–500

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a3w
沉积日期 deposition_date	1998-01-26
结构标题 title	PYRUVATE KINASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE COMPLEXED WITH FBP, PG, MN2+ AND K+
关键词 keywords	PYRUVATE KINASE, ALLOSTERIC REGULATION, TRANFERASE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.26 Å
零角强度 I(0) i0	184779000.00
分子量 molecular_weight	108270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	135760 Å³
包络体积 envelope_volume	164950 Å³
水化壳体积 shell_volume	44202 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.6 Å
壳层 Rg shell_rg	38.52 Å
包络 Rg envelope_rg	30.37 Å
形状 Rg shape_rg	30.29 Å
总 Rg total_rg	30.86 Å
总原子数 total_atoms	7581
残基数 n_residues	981
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	184800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9071
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.151
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.584
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	45610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.967

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PYRUVATE KINASE
分子量 formula_weight	54612.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.40
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7581

MSRLERLTSLNVVAGSDLRRTSIIGTIGPKTNNPETLVALRKAGLNIVRMNFSHGSYEYHKSVIDNARKSEELYPGRPLAIALDTKGPEIRTGTTTNDVDYPIPPNHEMIFTTDDKYAKACDDKIMYVDYKNITKVISAGRIIYVDDGVLSFQVLEVVDDKTLKVKALNAGKICSHKGVNLPGTDVDLPALSEKDKEDLRFGVKNGVHMVFASFIRTANDVLTIREVLGEQGKDVKIIVKIENQQGVNNFDEILKVTDGVMVARGDLGIEIPAPEVLAVQKKLIAKSNLAGKPVICATQMLESMTYNPRPTRAEVSDVGNAILDGADCVMLSGETAKGNYPINAVTTMAETAVIAEQAIAYLPNYDDMRNCTPKPTSTTETVAASAVAAVFEQKAKAIIVLSTSGTTPRLVSKYRPNCPIILVTRCPRAARFSHLYRGVFPFVFEKEPVSDWTDDVEARINFGIEKAKEFGILKKGDTYVSIQGFKAGAGHSNTLQVSTV

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID
分子量 formula_weight	156.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose
分子量 formula_weight	340.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1a3wa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.58 — PK beta-barrel domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.58.1 — PK beta-barrel domain-like
家族 Family family	b.58.1.1 — Pyruvate kinase beta-barrel domain

结构域编号 domain_id	d1a3wa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.1 — Pyruvate kinase

结构域编号 domain_id	d1a3wa3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.49 — Pyruvate kinase C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.49.1 — PK C-terminal domain-like
家族 Family family	c.49.1.1 — Pyruvate kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1a3wb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.58 — PK beta-barrel domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.58.1 — PK beta-barrel domain-like
家族 Family family	b.58.1.1 — Pyruvate kinase beta-barrel domain

结构域编号 domain_id	d1a3wb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.1 — Pyruvate kinase

结构域编号 domain_id	d1a3wb3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.49 — Pyruvate kinase C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.49.1 — PK C-terminal domain-like
家族 Family family	c.49.1.1 — Pyruvate kinase, C-terminal domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1a3wA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Pyruvate kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1a3wA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	1a3wA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	33 — M1 Pyruvate Kinase; Domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PK beta-barrel domain-like

结构域编号 domain_id	1a3wB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Pyruvate kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1a3wB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

结构域编号 domain_id	1a3wB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	33 — M1 Pyruvate Kinase; Domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PK beta-barrel domain-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	109.400 Å
晶胞边长 b length_b	102.700 Å
晶胞边长 c length_c	110.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	100.000 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.3230

fit	/app/data/saxs_computation/a3/1a3w/1a3w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a3/1a3w/1a3w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a3/1a3w/1a3w.dat

PYRUVATE KINASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE COMPLEXED WITH FBP, PG, MN2+ AND K+

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PYRUVATE KINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction