SAXSdb — 1a4e

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CATALASE A

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 15–502 链 B； UniProt 15–502 链 C； UniProt 15–502 链 D； UniProt 15–502	未记录	AZI AZIDE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CATA_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–488； UniProt 15–502 作者链 B； PDB构建体 1–488； UniProt 15–502 作者链 C； PDB构建体 1–488； UniProt 15–502 作者链 D； PDB构建体 1–488； UniProt 15–502

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a4e
沉积日期 deposition_date	1998-01-29
结构标题 title	CATALASE A FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, CATALASE, PEROXIDASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.61 Å
零角强度 I(0) i0	781073000.00
分子量 molecular_weight	225060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	279440 Å³
包络体积 envelope_volume	329060 Å³
水化壳体积 shell_volume	71439 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.6 Å
壳层 Rg shell_rg	45.73 Å
包络 Rg envelope_rg	35.74 Å
形状 Rg shape_rg	35.58 Å
总 Rg total_rg	36.28 Å
总原子数 total_atoms	15922
残基数 n_residues	1952
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.7 Å
Rg (实空间) rg_real	36.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.8110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1150e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	781200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8986
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.138
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.518
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	308600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.916

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CATALASE A
分子量 formula_weight	55623.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	16879

DVREDRVVTNSTGNPINEPFVTQRIGEHGPLLLQDYNLIDSLAHFNRENIPQRNPHAHGSGAFGYFEVTDDITDICGSAMFSKIGKRTKCLTRFSTVGGDKGSADTVRDPRGFATKFYTEEGNLDWVYNNTPVFFIRDPSKFPHFIHTQKRNPQTNLRDADMFWDFLTTPENQVAIHQVMILFSDRGTPANYRSMHGYSGHTYKWSNKNGDWHYVQVHIKTDQGIKNLTIEEATKIAGSNPDYCQQDLFEAIQNGNYPSWTVYIQTMTERDAKKLPFSVFDLTKVWPQGQFPLRRVGKIVLNENPLNFFAQVEQAAFAPSTTVPYQEASADPVLQARLFSYADAHRYRLGPNFHQIPVNCPYASKFFNPAIRDGPMNVNGNFGSEPTYLANDKSYTYIQQDRPIQQHQEVWNGPAIPYHWATSPGDVDFVQARNLYRVLGKQPGQQKNLAYNIGIHVEGACPQIQQRVYDMFARVDKGLSEAIKKVAE

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	AZIDE ION
分子量 formula_weight	42.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	957

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1a4ea_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family family	e.5.1.1 — Heme-dependent catalases

结构域编号 domain_id	d1a4eb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family family	e.5.1.1 — Heme-dependent catalases

结构域编号 domain_id	d1a4ec_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family family	e.5.1.1 — Heme-dependent catalases

结构域编号 domain_id	d1a4ed_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family family	e.5.1.1 — Heme-dependent catalases

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1a4eA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	1a4eB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	1a4eC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	1a4eD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	184.172 Å
晶胞边长 b length_b	184.172 Å
晶胞边长 c length_c	304.977 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1540
R_work r_work	0.1540
R_free r_free	0.1980

fit	/app/data/saxs_computation/a4/1a4e/1a4e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a4/1a4e/1a4e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a4/1a4e/1a4e.dat

CATALASE A FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CATALASE A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction