SAXSdb — 1a4s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–503 链 B； UniProt 1–503 链 C； UniProt 1–503 链 D； UniProt 1–503	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；287 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AT 14 DEGREES FROM 20% PEG 4000, 9.5% ISOPROPANOL, 100 MM HEPES, PH 7.5, temperature 287K	分辨率 2.10 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A4S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BPW BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM COD LIVER 提交 1998-08-12	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–503（503 aa）链 B 1–503（503 aa）链 C 1–503（503 aa）链 D 1–503（503 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；287 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AT 14 DEGREES FROM 20% PEG 4000, 9.5% ISOPROPANOL, 100 MM HEPES, PH 7.5, temperature 287K	分辨率 2.80 Å R-free 0.257

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BADH_GADCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 B； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 C； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 D； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a4s
沉积日期 deposition_date	1998-02-03
结构标题 title	BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM COD LIVER
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, ALDEHYDE OXIDATION; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.76 Å
零角强度 I(0) i0	703120000.00
分子量 molecular_weight	217450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	272500 Å³
包络体积 envelope_volume	326840 Å³
水化壳体积 shell_volume	70280 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.6 Å
壳层 Rg shell_rg	45.61 Å
包络 Rg envelope_rg	36.64 Å
形状 Rg shape_rg	36.71 Å
总 Rg total_rg	37.40 Å
总原子数 total_atoms	15232
残基数 n_residues	2012
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.4 Å
Rg (实空间) rg_real	37.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0910e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	703200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8913
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.056
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.584
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	118000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.724

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1a4sa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.82.1 — ALDH-like
家族 Family family	c.82.1.1 — ALDH-like

结构域编号 domain_id	d1a4sb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.82.1 — ALDH-like
家族 Family family	c.82.1.1 — ALDH-like

结构域编号 domain_id	d1a4sc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.82.1 — ALDH-like
家族 Family family	c.82.1.1 — ALDH-like

结构域编号 domain_id	d1a4sd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.82.1 — ALDH-like
家族 Family family	c.82.1.1 — ALDH-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1a4sA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1a4sA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	1a4sB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1a4sB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	1a4sC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1a4sC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	1a4sD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1a4sD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.170 Å
晶胞边长 b length_b	86.220 Å
晶胞边长 c length_c	88.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	105.20 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.13 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	100.02 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2230
R_work r_work	0.2230
R_free r_free	0.2530

描述 description	BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE
分子量 formula_weight	54422.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	15925

BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM COD LIVER

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	693

fit	/app/data/saxs_computation/a4/1a4s/1a4s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a4/1a4s/1a4s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a4/1a4s/1a4s.dat