1a4y

RIBONUCLEASE INHIBITOR-ANGIOGENIN COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBONUCLEASE INHIBITOR

Homo sapiens

UniProt P13489

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–460 链 D; UniProt 1–460 未记录 ANGIOGENIN × 2 (P03950) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 4.2;THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 10% PEG4000, 20MM SODIUM CITRATE (PH 4.2), 0.1 AMMONIUM SULPHATE AND 25 MM DTT. 分辨率 2.00 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RINI_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–460; UniProt 1–460 作者链 D; PDB构建体 1–460; UniProt 1–460

ANGIOGENIN

Homo sapiens

UniProt P03950

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 25–147 链 E; UniProt 25–147 未记录 RIBONUCLEASE INHIBITOR × 2 (P13489) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 4.2;THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 10% PEG4000, 20MM SODIUM CITRATE (PH 4.2), 0.1 AMMONIUM SULPHATE AND 25 MM DTT. 分辨率 2.00 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 53 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ANGI_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–123; UniProt 25–147 作者链 E; PDB构建体 1–123; UniProt 25–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1a4y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1a4y
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1a4y
沉积日期 deposition_date1998-02-08
结构标题 titleRIBONUCLEASE INHIBITOR-ANGIOGENIN COMPLEX
关键词 keywords;COMPLEX (INHIBITOR-NUCLEASE), COMPLEX (RI-ANG), HYDROLASE MOLECULAR RECOGNITION, EPITOPE MAPPING, LEUCINE-RICH REPEATS, COMPLEX (INHIBITOR-NUCLEASE) complex ;; COMPLEX (INHIBITOR/NUCLEASE)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.23
零角强度 I(0) i0274745000.00
分子量 molecular_weight126250.0 kDa
排除体积 excluded_volume155830 ų
包络体积 envelope_volume197170 ų
水化壳体积 shell_volume51486 ų
包络直径 envelope_diameter112.4
壳层 Rg shell_rg39.37
包络 Rg envelope_rg30.28
形状 Rg shape_rg31.24
总 Rg total_rg31.85
总原子数 total_atoms8806
残基数 n_residues1166
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.7
Rg (实空间) rg_real32.14
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.70
I(0) (实空间) i0_real2.7470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.26
I(0) (倒空间) i0_reciprocal274800000.0000
解质量估计 total_estimate0.7925
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary44.5
偏度 Skewness skewness0.109
峰度 Kurtosis kurtosis-0.286
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha90410000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.776; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1a4ya_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamilyc.10.1 — RNI-like
家族 Family familyc.10.1.1 — 28-residue LRR
结构域编号 domain_idd1a4yb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.5 — RNase A-like
超家族 Superfamily superfamilyd.5.1 — RNase A-like
家族 Family familyd.5.1.1 — Ribonuclease A-like
结构域编号 domain_idd1a4yd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamilyc.10.1 — RNI-like
家族 Family familyc.10.1.1 — 28-residue LRR
结构域编号 domain_idd1a4ye_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.5 — RNase A-like
超家族 Superfamily superfamilyd.5.1 — RNase A-like
家族 Family familyd.5.1.1 — Ribonuclease A-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1a4yA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
结构域编号 domain_id1a4yB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology130 — P-30 Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease A-like domain
结构域编号 domain_id1a4yD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
结构域编号 domain_id1a4yE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology130 — P-30 Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease A-like domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)