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1a56

PRIMARY SEQUENCE AND SOLUTION CONFORMATION OF FERRICYTOCHROME C-552 FROM NITROSOMONAS EUROPAEA, NMR, MEAN STRUCTURE REFINED WITH EXPLICIT HYDROGEN BOND CONSTRAINTS

Method: SOLUTION NMR Dmax: 39.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FERRICYTOCHROME C-552

物种未注明

UniProt P95339

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 23–103 未记录 HEC HEME C × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.9；323 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 1 NMR样品组成：WATER 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1A56 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A8C PRIMARY SEQUENCE AND SOLUTION CONFORMATION OF FERROCYTOCHROME C-552 FROM NITROSOMONAS EUROPAEA, NMR, MEAN STRUCTURE REFINED WITHOUT HYDROGEN BOND CONSTRAINTS 提交 1998-03-23 当前字段一致 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.9；323 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 1
NMR样品组成 WATER
分辨率未提供
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 10 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 J 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 11 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 K 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 12 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 L 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 13 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 M 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 14 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 N 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 15 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 O 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 16 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 P 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 17 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 Q 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 18 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 R 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOW Crystal Structure of Wild Type Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 提交 2013-02-25 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 I 23–103（81 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；3 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM TRIS-HCL PH 8
分辨率 2.35 Å R-free 0.258
3ZOX Crystal Structure of N64Del Mutant of Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 (monoclinic space group) 提交 2013-02-26 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–103（81 aa）
突变：YES HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9.5；0.1 M CHES PH 9.5, 30% (W/V) PEG 8000
分辨率 2.10 Å R-free 0.274
3ZOX Crystal Structure of N64Del Mutant of Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 (monoclinic space group) 提交 2013-02-26 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 23–103（81 aa）
突变：YES HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9.5；0.1 M CHES PH 9.5, 30% (W/V) PEG 8000
分辨率 2.10 Å R-free 0.274
3ZOX Crystal Structure of N64Del Mutant of Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 (monoclinic space group) 提交 2013-02-26 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 23–103（81 aa）
突变：YES HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9.5；0.1 M CHES PH 9.5, 30% (W/V) PEG 8000
分辨率 2.10 Å R-free 0.274
3ZOX Crystal Structure of N64Del Mutant of Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 (monoclinic space group) 提交 2013-02-26 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 23–103（81 aa）
突变：YES HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9.5；0.1 M CHES PH 9.5, 30% (W/V) PEG 8000
分辨率 2.10 Å R-free 0.274
3ZOY Crystal Structure of N64Del Mutant of Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 (hexagonal space group) 提交 2013-02-26 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–103（81 aa）
突变：YES HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 3.1 M AMMONIUM SULFATE
分辨率 2.30 Å R-free 0.226
3ZOY Crystal Structure of N64Del Mutant of Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 (hexagonal space group) 提交 2013-02-26 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 23–103（81 aa）
突变：YES HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 3.1 M AMMONIUM SULFATE
分辨率 2.30 Å R-free 0.226
3ZOY Crystal Structure of N64Del Mutant of Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 (hexagonal space group) 提交 2013-02-26 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 23–103（81 aa）
突变：YES HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 3.1 M AMMONIUM SULFATE
分辨率 2.30 Å R-free 0.226
3ZOY Crystal Structure of N64Del Mutant of Nitrosomonas europaea Cytochrome c552 (hexagonal space group) 提交 2013-02-26 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 23–103（81 aa）
突变：YES HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 3.1 M AMMONIUM SULFATE
分辨率 2.30 Å R-free 0.226
4JCG Recombinant wild type Nitrosomonas europaea cytochrome c552 提交 2013-02-21 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–103（81 aa） 片段：Cyt C552 (UNP Residues 23-103)
未记录 HEC HEME C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；19% (w/v) PEG 6000, 0.2 M LiCl, 0.1 M Tris-HCl pH 7.4 at 7-8 mM protein concentration., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.63 Å R-free 0.234

共 5 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C552_NITEU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1a56

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1a56
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1a56
沉积日期 deposition_date1998-02-20
结构标题 titlePRIMARY SEQUENCE AND SOLUTION CONFORMATION OF FERRICYTOCHROME C-552 FROM NITROSOMONAS EUROPAEA, NMR, MEAN STRUCTURE REFINED WITH EXPLICIT HYDROGEN BOND CONSTRAINTS
关键词 keywordsHEMOPROTEIN, CYTOCHROME, PROKARYOTIC ELECTRON TRANSPORT; HEMOPROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.35 Å
零角强度 I(0) i01736990.00
分子量 molecular_weight9099.0 kDa
排除体积 excluded_volume11476 ų
包络体积 envelope_volume12224 ų
水化壳体积 shell_volume9190 ų
包络直径 envelope_diameter37.2 Å
壳层 Rg shell_rg17.02 Å
包络 Rg envelope_rg11.76 Å
形状 Rg shape_rg11.33 Å
总 Rg total_rg12.87 Å
总原子数 total_atoms1273
残基数 n_residues81
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax39.0 Å
Rg (实空间) rg_real12.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7370e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5620e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1737000.0000
解质量估计 total_estimate0.8952
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary38.0 Å
偏度 Skewness skewness0.066
峰度 Kurtosis kurtosis-0.347
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha300200.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.979
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1a56a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.1 — monodomain cytochrome c

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1a56A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)