1a5i

CATALYTIC DOMAIN OF VAMPIRE BAT (DESMODUS ROTUNDUS) SALIVA PLASMINOGEN ACTIVATOR IN COMPLEX WITH EGR-CMK (GLU-GLY-ARG CHLOROMETHYL KETONE)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 59.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PLASMINOGEN ACTIVATOR

Desmodus rotundus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 213–477	片段：UNP residues 213-477	0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 9；pH 9.0	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	URT1_DESRO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–265； UniProt 213–477

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a5i
沉积日期 deposition_date	1998-02-17
结构标题 title	CATALYTIC DOMAIN OF VAMPIRE BAT (DESMODUS ROTUNDUS) SALIVA PLASMINOGEN ACTIVATOR IN COMPLEX WITH EGR-CMK (GLU-GLY-ARG CHLOROMETHYL KETONE)
关键词 keywords	SERINE PROTEASE, FIBRINOLYTIC ENZYMES, PLASMINOGEN ACTIVATORS, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.49 Å
零角强度 I(0) i0	30578600.00
分子量 molecular_weight	27976.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26787 Å³
包络体积 envelope_volume	42839 Å³
水化壳体积 shell_volume	19799 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.8 Å
壳层 Rg shell_rg	24.47 Å
包络 Rg envelope_rg	17.91 Å
形状 Rg shape_rg	17.48 Å
总 Rg total_rg	18.25 Å
总原子数 total_atoms	2108
残基数 n_residues	265
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.0 Å
Rg (实空间) rg_real	18.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	30580000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8854
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.158
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.359
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9444000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PLASMINOGEN ACTIVATOR
分子量 formula_weight	29716.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.68
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2141

TCGLRKYKEPQLHSTGGLFTDITSHPWQAAIFAQNRRSSGERFLCGGILISSCWVLTAAHCFQESYLPDQLKVVLGRTYRVKPGEEEQTFKVKKYIVHKEFDDDTYNNDIALLQLKSDSPQCAQESDSVRAICLPEANLQLPDWTECELSGYGKHKSSSPFYSEQLKEGHVRLYPSSRCAPKFLFNKTVTNNMLCAGDTRSGEIYPNVHDACQGDSGGPLVCMNDNHMTLLGIISWGVGCGEKDVPGVYTKVTNYLGWIRDNMHL

来源 Source

来源生物 organism	Desmodus rotundus
通用名 common_name	common vampire bat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9430
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide
分子量 formula_weight	395.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1a5ia_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1a5iA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1a5iA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	73.860 Å
晶胞边长 b length_b	73.860 Å
晶胞边长 c length_c	135.190 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	7.000 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/a5/1a5i/1a5i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a5/1a5i/1a5i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a5/1a5i/1a5i.dat