SAXSdb — 1a78

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GALECTIN-1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–134 链 B； UniProt 1–134	未记录	beta-D-galactopyranose-(1-1)-1-thio-beta-D-galactopyranose × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.6；DROPS OF EQUAL AMOUNT OF 10-12 MG/ML PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTION WERE EQUILIBRATED AGAINST 1 ML OF (NH4)2SO4 AT 56% SATURATION IN 100MM TRIS-ACETATE BUFFER, PH 6.6 AND 1% MPD AND 1% DTT	分辨率 2.00 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A78	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GAN COMPLEX OF TOAD OVARY GALECTIN WITH N-ACETYLGALACTOSE 提交 1996-11-06	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–134（134 aa）链 B 1–134（134 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.6；DROPS OF EQUAL AMOUNT OF 10-12 MG/ML PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTION WERE EQUILIBRATED AGAINST 1 ML OF (NH4)2SO4 AT 56% SATURATION IN 100MM TRIS-ACETATE BUFFER, PH 6.6 AND 1% MPD AND 1% DTT	分辨率 2.23 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEG1_BUFAR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134 作者链 B； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a78
沉积日期 deposition_date	1998-03-20
结构标题 title	COMPLEX OF TOAD OVARY GALECTIN WITH THIO-DIGALACTOSE
关键词 keywords	S-LECTIN, CARBOHYDRATE BINDING, COMPLEX (LECTIN-SACCHARIDE), LECTIN; LECTIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.10 Å
零角强度 I(0) i0	15663000.00
分子量 molecular_weight	30286.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38007 Å³
包络体积 envelope_volume	43576 Å³
水化壳体积 shell_volume	18699 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.2 Å
壳层 Rg shell_rg	25.46 Å
包络 Rg envelope_rg	20.07 Å
形状 Rg shape_rg	20.11 Å
总 Rg total_rg	20.82 Å
总原子数 total_atoms	2128
残基数 n_residues	268
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.2 Å
Rg (实空间) rg_real	21.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0620e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9040
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.301
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.517
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GALECTIN-1
分子量 formula_weight	14725.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2174

ASAGVAVTNLNLKPGHCVEIKGSIPPDCKGFAVNLGEDASNFLLHFNARFDLHGDVNKIVCNSKEADAWGSEQREEVFPFQQGAEVMVCFEYQTQKIIIKFSSGDQFSFPVRKVLPSIPFLSLEGLAFKSITTE

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-galactopyranose-(1-1)-1-thio-beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	358.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE
分子量 formula_weight	154.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	46

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1a78a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.3 — Galectin (animal S-lectin)

结构域编号 domain_id	d1a78b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.3 — Galectin (animal S-lectin)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1a78A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1a78B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.800 Å
晶胞边长 b length_b	51.000 Å
晶胞边长 c length_c	56.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2560

fit	/app/data/saxs_computation/a7/1a78/1a78.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a7/1a78/1a78.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a7/1a78/1a78.dat

COMPLEX OF TOAD OVARY GALECTIN WITH THIO-DIGALACTOSE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GALECTIN-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction