SAXSdb — 1a7a

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE HYDROLASE

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–432 链 B； UniProt 2–432	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADC (1'R,2'S)-9-(2-HYDROXY-3'-KETO-CYCLOPENTEN-1-YL)ADENINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.80 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A7A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1LI4 Human S-adenosylhomocysteine hydrolase complexed with neplanocin 提交 2002-04-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–432（432 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 NOC 3-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-5-HYDROXYMETHYL-CYCLOPENTANE-1,2-DIOL × 4 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；273 K；PEG4K, IOSPROPANOL, AMMONIUM ACETATE, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 2.01 Å R-free 0.236
3NJ4 Fluoro-neplanocin A in Human S-Adenosylhomocysteine Hydrolase 提交 2010-06-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–432（432 aa）链 B 1–432（432 aa）链 C 1–432（432 aa）链 D 1–432（432 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 AFX (4S,5S)-4-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3-fluoro-5-hydroxy-2-(hydroxymethyl)cyclopent-2-en-1-one × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M HEPES pH 8.0, 22% PEG400, 100mM Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
4PFJ The structure of bi-acetylated SAHH 提交 2014-04-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–432（432 aa）链 B 1–432（432 aa）	突变：e396c 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：e396c 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG 3350, sodium formate, bis-tris	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
4PGF The structure of mono-acetylated SAHH 提交 2014-05-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–432（432 aa）链 B 1–432（432 aa）	突变：e396c 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：e396c 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG 3350, sodium formate, bis-tris	分辨率 2.59 Å R-free 0.248
4YVF Structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase 提交 2015-03-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–432（432 aa）链 B 1–432（432 aa）	未记录	NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 XFA 2-{[5-chloro-2-(4-chlorophenoxy)phenyl](2-{[2-(methylamino)ethyl]amino}-2-oxoethyl)amino}-N-(1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-N-methylacetamide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；HEPES, PEG 4000, 2-propanol, ethyl acetate	分辨率 2.70 Å R-free 0.239
5W49 The crystal structure of human S-adenosylhomocysteine hydrolase (AHCY) bound to oxadiazole inhibitor 提交 2017-06-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 4–432（429 aa）链 B 4–432（429 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 28 9W1 (4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)[(3R)-3-{4-[(3-methoxyphenyl)amino]-6-methylpyridin-2-yl}pyrrolidin-1-yl]methanone × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；8-12% PEG8000, 0.12 M ethylene glycol, 0.1 M Tris(base):Bicine, pH 8.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.226
5W4B The crystal structure of human S-adenosylhomocysteine hydrolase (AHCY) bound to benzothiazole inhibitor 提交 2017-06-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 4–432（429 aa）链 B 4–432（429 aa）链 E 4–432（429 aa）链 F 4–432（429 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 9W4 4-[(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-imidazol-1-yl)methyl]-N-[2-(morpholin-4-yl)-1,3-benzothiazol-6-yl]benzamide × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；8-12% PEG8000, 0.12 M ethylene glycol, 0.1 M Tris(base):Bicine, pH 8.5	分辨率 2.65 Å R-free 0.240
5W4B The crystal structure of human S-adenosylhomocysteine hydrolase (AHCY) bound to benzothiazole inhibitor 提交 2017-06-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 4–432（429 aa）链 D 4–432（429 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 9W4 4-[(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-imidazol-1-yl)methyl]-N-[2-(morpholin-4-yl)-1,3-benzothiazol-6-yl]benzamide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；8-12% PEG8000, 0.12 M ethylene glycol, 0.1 M Tris(base):Bicine, pH 8.5	分辨率 2.65 Å R-free 0.240
9QYI Crystal structure of human S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase complex with adenosine 提交 2025-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–432（431 aa）链 B 2–432（431 aa）链 D 2–432（431 aa）链 E 2–432（431 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4 K POTASSIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；Morpheus D4	分辨率 1.59 Å R-free 0.214
9QYI Crystal structure of human S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase complex with adenosine 提交 2025-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–432（431 aa）链 F 2–432（431 aa）链 G 2–432（431 aa）链 H 2–432（431 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4 K POTASSIUM ION × 5 SO4 SULFATE ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；Morpheus D4	分辨率 1.59 Å R-free 0.214
9QYJ Crystal structure of human S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase in complex with adenosine and cadmium ions. 提交 2025-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–432（431 aa）链 B 2–432（431 aa）链 D 2–432（431 aa）链 E 2–432（431 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4 CD CADMIUM ION × 24 K POTASSIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；Morpheus D4	分辨率 1.93 Å R-free 0.244
9QYJ Crystal structure of human S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase in complex with adenosine and cadmium ions. 提交 2025-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–432（431 aa）链 F 2–432（431 aa）链 G 2–432（431 aa）链 H 2–432（431 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4 CD CADMIUM ION × 21 K POTASSIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；Morpheus D4	分辨率 1.93 Å R-free 0.244

共 9 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAHH_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–432； UniProt 2–432 作者链 B； PDB构建体 2–432； UniProt 2–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a7a
沉积日期 deposition_date	1998-03-10
结构标题 title	STRUCTURE OF HUMAN PLACENTAL S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE HYDROLASE: DETERMINATION OF A 30 SELENIUM ATOM SUBSTRUCTURE FROM DATA AT A SINGLE WAVELENGTH
关键词 keywords	HYDROLASE, NAD BINDING PROTEIN; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.95 Å
零角强度 I(0) i0	160267000.00
分子量 molecular_weight	98300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	121510 Å³
包络体积 envelope_volume	138980 Å³
水化壳体积 shell_volume	39321 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.3 Å
壳层 Rg shell_rg	36.85 Å
包络 Rg envelope_rg	29.15 Å
形状 Rg shape_rg	29.00 Å
总 Rg total_rg	29.44 Å
总原子数 total_atoms	6788
残基数 n_residues	831
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.5 Å
Rg (实空间) rg_real	29.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6030e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	160300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8906
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.290
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.451
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	67740000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.978

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE HYDROLASE
分子量 formula_weight	48522.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.3.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6834

MSDKLPYKVADIGLAAWGRKALDIAENEMPGLMRMRERYSASKPLKGARIAGCLHMTVETAVLIETLVTLGAEVQWSSCNIFSTQNHAAAAIAKAGIPVYAWKGETDEEYLWCIEQTLYFKDGPLNMILDDGGDLTNLIHTKYPQLLPGIRGISEETTTGVHNLYKMMANGILKVPAINVNDSVTKSKFDNLYGCRESLIDGIKRATDVMIAGKVAVVAGYGDVGKGCAQALRGFGARVIITEIDPINALQAAMEGYEVTTMDEACQEGNIFVTTTGCIDIILGRHFEQMKDDAIVCNIGHFDVEIDVKWLNENAVEKVNIKPQVDRYRLKNGRRIILLAEGRLVNLGCAMGHPSFVMSNSFTNQVMAQIELWTHPDKYPVGVHFLPKKLDEAVAEAHLGKLNVKLTKLTEKQAQYLGMSCDGPFKPDHYRY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(1'R,2'S)-9-(2-HYDROXY-3'-KETO-CYCLOPENTEN-1-YL)ADENINE
分子量 formula_weight	233.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	46

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1a7aa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.4 — Formate/glycerate dehydrogenases, NAD-domain

结构域编号 domain_id	d1a7aa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.12 — Formate/glycerate dehydrogenase catalytic domain-like
家族 Family family	c.23.12.3 — S-adenosylhomocystein hydrolase

结构域编号 domain_id	d1a7ab1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.4 — Formate/glycerate dehydrogenases, NAD-domain

结构域编号 domain_id	d1a7ab2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.12 — Formate/glycerate dehydrogenase catalytic domain-like
家族 Family family	c.23.12.3 — S-adenosylhomocystein hydrolase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1a7aA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1480 — Adenosylhomocysteinase-like

结构域编号 domain_id	1a7aA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1a7aB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1480 — Adenosylhomocysteinase-like

结构域编号 domain_id	1a7aB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	91.930 Å
晶胞边长 b length_b	168.020 Å
晶胞边长 c length_c	137.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	21
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2270
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2470

fit	/app/data/saxs_computation/a7/1a7a/1a7a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a7/1a7a/1a7a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a7/1a7a/1a7a.dat

STRUCTURE OF HUMAN PLACENTAL S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE HYDROLASE: DETERMINATION OF A 30 SELENIUM ATOM SUBSTRUCTURE FROM DATA AT A SINGLE WAVELENGTH

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE HYDROLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction