1a9w

HUMAN EMBRYONIC GOWER II CARBONMONOXY HEMOGLOBIN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEMOGLOBIN (ALPHA CHAIN)

Homo sapiens

UniProt P69905

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–141 链 C; UniProt 1–141 未记录 HEMOGLOBIN (BETA CHAIN) × 2 (P02100) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CMO CARBON MONOXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:microseeding and macroseeding used to increase crystal size;pH 8.5;PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 21% MME-PEG 5000, 0.2M TAPS/ KOH, PH 8.5, 2MM DITHIONITE. THEN MICROSEEDING AND MACROSEEDING USED TO INCREASE CRYSTAL SIZE, microseeding and macroseeding used to increase crystal size 分辨率 2.90 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 348 个其他 PDB 条目、412 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HBA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–141; UniProt 1–141 作者链 C; PDB构建体 1–141; UniProt 1–141

HEMOGLOBIN (BETA CHAIN)

Homo sapiens

UniProt P02100

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–146 链 F; UniProt 1–146 未记录 HEMOGLOBIN (ALPHA CHAIN) × 2 (P69905) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CMO CARBON MONOXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:microseeding and macroseeding used to increase crystal size;pH 8.5;PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 21% MME-PEG 5000, 0.2M TAPS/ KOH, PH 8.5, 2MM DITHIONITE. THEN MICROSEEDING AND MACROSEEDING USED TO INCREASE CRYSTAL SIZE, microseeding and macroseeding used to increase crystal size 分辨率 2.90 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HBE_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–146; UniProt 1–146 作者链 F; PDB构建体 1–146; UniProt 1–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1a9w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1a9w
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1a9w
沉积日期 deposition_date1998-04-11
结构标题 titleHUMAN EMBRYONIC GOWER II CARBONMONOXY HEMOGLOBIN
关键词 keywordsOXYGEN TRANSPORT; OXYGEN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.84
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.47
零角强度 I(0) i058415500.00
分子量 molecular_weight62445.0 kDa
排除体积 excluded_volume79184 ų
包络体积 envelope_volume94885 ų
水化壳体积 shell_volume32515 ų
包络直径 envelope_diameter71.2
壳层 Rg shell_rg31.44
包络 Rg envelope_rg23.16
形状 Rg shape_rg23.46
总 Rg total_rg24.38
总原子数 total_atoms4414
残基数 n_residues572
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.7
Rg (实空间) rg_real24.59
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32
I(0) (实空间) i0_real5.8420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.1720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal58420000.0000
解质量估计 total_estimate0.9136
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.7
偏度 Skewness skewness0.019
峰度 Kurtosis kurtosis-0.564
角度范围 angular_range— – 0.3200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16070000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.971; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1a9wa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd1a9wc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd1a9we_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd1a9wf_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1a9wA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id1a9wC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id1a9wE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id1a9wF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)