1aby

CYANOMET RHB1.1 (RECOMBINANT HEMOGLOBIN)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 72.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEMOGLOBIN

Homo sapiens

UniProt P69905

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–141 突变:CHAIN A, V1M, CHAIN B, D, V1M, N108K HEMOGLOBIN × 2 (P68871) CYN CYANIDE ION × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5;pH 5.0 分辨率 2.60 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 348 个其他 PDB 条目、412 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HBA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 143–283; UniProt 1–141

HEMOGLOBIN

Homo sapiens

UniProt P68871

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–146 链 D; UniProt 2–146 突变:CHAIN A, V1M, CHAIN B, D, V1M, N108K HEMOGLOBIN × 1 (P69905) CYN CYANIDE ION × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5;pH 5.0 分辨率 2.60 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 343 个其他 PDB 条目、399 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HBB_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–146; UniProt 2–146 作者链 D; PDB构建体 2–146; UniProt 2–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1aby

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1aby
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1aby
沉积日期 deposition_date1997-01-29
结构标题 titleCYANOMET RHB1.1 (RECOMBINANT HEMOGLOBIN)
关键词 keywordsHEME, OXYGEN TRANSPORT, RESPIRATORY PROTEIN, ERYTHROCYTE; OXYGEN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.18
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.94
零角强度 I(0) i064320700.00
分子量 molecular_weight64725.0 kDa
排除体积 excluded_volume81850 ų
包络体积 envelope_volume97777 ų
水化壳体积 shell_volume32957 ų
包络直径 envelope_diameter73.4
壳层 Rg shell_rg31.92
包络 Rg envelope_rg23.58
形状 Rg shape_rg23.93
总 Rg total_rg24.86
总原子数 total_atoms4572
残基数 n_residues575
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.4
Rg (实空间) rg_real25.00
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.21
I(0) (实空间) i0_real6.4320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.9910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.06
I(0) (倒空间) i0_reciprocal64320000.0000
解质量估计 total_estimate0.7386
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.3
偏度 Skewness skewness0.043
峰度 Kurtosis kurtosis-0.551
角度范围 angular_range— – 0.3150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha12300000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.987

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1abya1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd1abya2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd1abyb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd1abyd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1abyA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id1abyA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id1abyB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id1abyD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)