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1aco

CRYSTAL STRUCTURE OF ACONITASE WITH TRANSACONITATE BOUND

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACONITASE

Bos taurus

UniProt P20004

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 29–781 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） TRA ACONITATE ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.05 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1ACO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AMI STERIC AND CONFORMATIONAL FEATURES OF THE ACONITASE MECHANISM 提交 1994-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–780（753 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MIC ALPHA-METHYLISOCITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1AMJ STERIC AND CONFORMATIONAL FEATURES OF THE ACONITASE MECHANISM 提交 1994-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–780（753 aa）
未记录 OH HYDROXIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1C96 S642A:CITRATE COMPLEX OF ACONITASE 提交 1999-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 29–782（754 aa）
突变：SER642ALA FLC CITRATE ANION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 O OXYGEN ATOM × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；295 K；2.6 M AMMONIUM SULFATE 0.35 M SODIUM CHLORIDE 0.25 M BIS-TRIS, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
分辨率 1.81 Å
1C97 S642A:ISOCITRATE COMPLEX OF ACONITASE 提交 1999-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 29–782（754 aa）
突变：SER642ALA SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 O OXYGEN ATOM × 1 ICT ISOCITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；295 K；2.6 M AMMONIUM SULFATE 0.35 M SODIUM CHLORIDE 0.25 M BIS-TRIS, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295.K
分辨率 1.98 Å
1FGH COMPLEX WITH 4-HYDROXY-TRANS-ACONITATE 提交 1996-09-14 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 29–781（753 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ATH 4-HYDROXY-ACONITATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.05 Å
1NIS CRYSTAL STRUCTURE OF ACONITASE WITH TRANS-ACONITATE AND NITROCITRATE BOUND 提交 1993-01-17 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 29–781（753 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 NTC 2-HYDROXY-2-NITROMETHYL SUCCINIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.05 Å
1NIT CRYSTAL STRUCTURE OF ACONITASE WITH TRANS-ACONITATE AND NITROCITRATE BOUND 提交 1993-01-17 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 29–781（753 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.05 Å
8ACN CRYSTAL STRUCTURES OF ACONITASE WITH ISOCITRATE AND NITROISOCITRATE BOUND 提交 1991-05-15 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 29–780（752 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 NIC NITROISOCITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACON_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–754； UniProt 29–781

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1aco

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1aco
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1aco
沉积日期 deposition_date1993-01-17
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF ACONITASE WITH TRANSACONITATE BOUND
关键词 keywordsLYASE(CARBON-OXYGEN); LYASE(CARBON-OXYGEN)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.42 Å
零角强度 I(0) i0113277000.00
分子量 molecular_weight83047.0 kDa
排除体积 excluded_volume103550 ų
包络体积 envelope_volume117380 ų
水化壳体积 shell_volume36870 ų
包络直径 envelope_diameter87.7 Å
壳层 Rg shell_rg34.02 Å
包络 Rg envelope_rg25.66 Å
形状 Rg shape_rg25.46 Å
总 Rg total_rg26.11 Å
总原子数 total_atoms5832
残基数 n_residues753
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.1 Å
Rg (实空间) rg_real26.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal113300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8969
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.5 Å
偏度 Skewness skewness0.209
峰度 Kurtosis kurtosis-0.423
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha36800000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.976
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1acoa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamilyc.8.2 — LeuD/IlvD-like
家族 Family familyc.8.2.1 — LeuD-like
结构域编号 domain_idd1acoa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.83 — Aconitase iron-sulfur domain
超家族 Superfamily superfamilyc.83.1 — Aconitase iron-sulfur domain
家族 Family familyc.83.1.1 — Aconitase iron-sulfur domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1acoA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology499 — Aconitase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aconitase, domain 3
结构域编号 domain_id1acoA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1060 — Aconitase; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aconitase, Domain 2
结构域编号 domain_id1acoA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology499 — Aconitase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aconitase, domain 3
结构域编号 domain_id1acoA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology19 — Aconitase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aconitase, domain 4
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)