SAXSdb — 1ad1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DIHYDROPTEROATE SYNTHETASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–267 链 B； UniProt 2–267	未记录	K POTASSIUM ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1AD1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AD4 DIHYDROPTEROATE SYNTHETASE COMPLEXED WITH OH-CH2-PTERIN-PYROPHOSPHATE FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS 提交 1997-02-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–267（266 aa）链 B 2–267（266 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3 K POTASSIUM ION × 2 HH2 6-HYDROXYMETHYLPTERIN-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
6CLU Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.204
6CLU Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.204
6CLU Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.204
6CLU Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.204
6CLU Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–267（267 aa）链 B 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K 突变：F17L, E208K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.204
6CLU Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–267（267 aa）链 D 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K 突变：F17L, E208K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.204
6CLV Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K	6MB 4-{[(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridin-6-yl)methyl]amino}-N-(3,4-dimethyl-1,2-oxazol-5-yl)benzene-1-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.210
6CLV Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K	6MB 4-{[(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridin-6-yl)methyl]amino}-N-(3,4-dimethyl-1,2-oxazol-5-yl)benzene-1-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.210
6CLV Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K	6MB 4-{[(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridin-6-yl)methyl]amino}-N-(3,4-dimethyl-1,2-oxazol-5-yl)benzene-1-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.210
6CLV Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.210
6CLV Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–267（267 aa）链 D 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K 突变：F17L, E208K	6MB 4-{[(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridin-6-yl)methyl]amino}-N-(3,4-dimethyl-1,2-oxazol-5-yl)benzene-1-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.210
6CLV Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–267（267 aa）链 C 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K 突变：F17L, E208K	6MB 4-{[(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridin-6-yl)methyl]amino}-N-(3,4-dimethyl-1,2-oxazol-5-yl)benzene-1-sulfonamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.210

共 3 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHPS_STAAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–266； UniProt 2–267 作者链 B； PDB构建体 1–266； UniProt 2–267

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ad1
沉积日期 deposition_date	1997-02-19
结构标题 title	DIHYDROPTEROATE SYNTHETASE (APO FORM) FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS
关键词 keywords	SYNTHETASE, TRANSFERASE, DIHYDROPTEROATE SYNTHETASE, DHPS, APO FORM, COMPLEX WITH OH-CH2-PTERIN-PYROPHOSPHATE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.28 Å
零角强度 I(0) i0	54418300.00
分子量 molecular_weight	57029.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71349 Å³
包络体积 envelope_volume	85626 Å³
水化壳体积 shell_volume	28020 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.74 Å
包络 Rg envelope_rg	26.35 Å
形状 Rg shape_rg	26.30 Å
总 Rg total_rg	26.91 Å
总原子数 total_atoms	3994
残基数 n_residues	515
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.2 Å
Rg (实空间) rg_real	26.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	54420000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8035
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.449
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.358
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DIHYDROPTEROATE SYNTHETASE
分子量 formula_weight	29402.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.15
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4395

TKTKIMGILNVTPDSFSDGGKFNNVESAVTRVKAMMDEGADIIDVGGVSTRPGHEMITVEEELNRVLPVVEAIVGFDVKISVDTFRSEVAEACLKLGVDIINDQWAGLYDHRMFQVVAKYDAEIVLMHNGNGNRDEPVVEEMLTSLLAQAHQAKIAGIPSNKIWLDPGIGFAKTRNEEAEVMARLDELVATEYPVLLATSRKRFTKEMMGYDTTPVERDEVTAATTAYGIMKGVRAVRVHNVELNAKLAKGIDFLKENENARHNFS

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	401

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ad1a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.21 — Dihydropteroate synthetase-like
家族 Family family	c.1.21.1 — Dihydropteroate synthetase

结构域编号 domain_id	d1ad1b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.21 — Dihydropteroate synthetase-like
家族 Family family	c.1.21.1 — Dihydropteroate synthetase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1ad1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

结构域编号 domain_id	1ad1B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.470 Å
晶胞边长 b length_b	42.190 Å
晶胞边长 c length_c	101.320 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.33 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	13.500 Å
R 因子 r_factor	0.1590
R_work r_work	0.1590
R_free r_free	0.2180

fit	/app/data/saxs_computation/ad/1ad1/1ad1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ad/1ad1/1ad1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ad/1ad1/1ad1.dat

DIHYDROPTEROATE SYNTHETASE (APO FORM) FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DIHYDROPTEROATE SYNTHETASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction