1adj

HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE IN COMPLEX WITH HISTIDINE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 133.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–421 链 B； UniProt 1–421	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 HIS HISTIDINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–421 链 D； UniProt 1–421	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 HIS HISTIDINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–421 链 B； UniProt 1–421 链 C； UniProt 1–421 链 D； UniProt 1–421	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 HIS HISTIDINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ADJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ADY HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE IN COMPLEX WITH HISTIDYL-ADENYLATE 提交 1997-02-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–421（421 aa）链 B 1–421（421 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 HAM HISTIDYL-ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.	分辨率 2.80 Å R-free 0.300
1ADY HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE IN COMPLEX WITH HISTIDYL-ADENYLATE 提交 1997-02-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–421（421 aa）链 D 1–421（421 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 HAM HISTIDYL-ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.	分辨率 2.80 Å R-free 0.300
1H4V HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE from Thermus Thermophilus (ligand free) 提交 2001-05-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–421（421 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；DESCRIBED IN REFERENCE 1., pH 7.00	分辨率 2.40 Å R-free 0.256

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYH_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 B； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 C； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 D； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1adj
沉积日期 deposition_date	1997-02-18
结构标题 title	HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE IN COMPLEX WITH HISTIDINE
关键词 keywords	AMINO ACID, HISTIDINE, COMPLEX (TRNA SYNTHETASE-PEPTIDE), COMPLEX (TRNA SYNTHETASE-PEPTIDE) complex; COMPLEX (TRNA SYNTHETASE/PEPTIDE)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.98 Å
零角强度 I(0) i0	531841000.00
分子量 molecular_weight	188680.0 kDa
排除体积 excluded_volume	236410 Å³
包络体积 envelope_volume	311440 Å³
水化壳体积 shell_volume	63144 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.4 Å
壳层 Rg shell_rg	46.45 Å
包络 Rg envelope_rg	40.62 Å
形状 Rg shape_rg	40.98 Å
总 Rg total_rg	41.26 Å
总原子数 total_atoms	13300
残基数 n_residues	1680
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.7 Å
Rg (实空间) rg_real	41.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	531800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8841
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.333
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.359
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	129300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.768

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE
分子量 formula_weight	47125.9 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.21
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	13538

MTARAVRGTKDLFGKELRMHQRIVATARKVLEAAGALELVTPIFEETQVFEKGVGAATDIVRKEMFTFQDRGGRSLTLRPEGTAAMVRAYLEHGMKVWPQPVRLWMAGPMFRAERPQKGRYRQFHQVNYEALGSENPILDAEAVVLLYECLKELGLRRLKVKLSSVGDPEDRARYNAYLREVLSPHREALSEDSKERLEENPMRILDSKSERDQALLKELGVRPMLDFLGEEARAHLKEVERHLERLSVPYELEPALVRGLDYYVRTAFEVHHEEIGAQSALGGGGRYDGLSELLGGPRVPGVGFAFGVERVALALEAEGFGLPEEKGPDLYLIPLTEEAVAEAFYLAEALRPRLRAEYALAPRKPAKGLEEALKRGAAFAGFLGEDELRAGEVTLKRLATGEQVRLSREEVPGYLLQALG

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	HISTIDINE
分子量 formula_weight	156.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	238

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1adja1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.51 — Anticodon-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.51.1 — Class II aaRS ABD-related
家族 Family family	c.51.1.1 — Anticodon-binding domain of Class II aaRS

结构域编号 domain_id	d1adja2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamily	d.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family family	d.104.1.1 — Class II aminoacyl-tRNA synthetase (aaRS)-like, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1adjb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.51 — Anticodon-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.51.1 — Class II aaRS ABD-related
家族 Family family	c.51.1.1 — Anticodon-binding domain of Class II aaRS

结构域编号 domain_id	d1adjb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamily	d.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family family	d.104.1.1 — Class II aminoacyl-tRNA synthetase (aaRS)-like, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1adjc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.51 — Anticodon-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.51.1 — Class II aaRS ABD-related
家族 Family family	c.51.1.1 — Anticodon-binding domain of Class II aaRS

结构域编号 domain_id	d1adjc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamily	d.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family family	d.104.1.1 — Class II aminoacyl-tRNA synthetase (aaRS)-like, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1adjd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.51 — Anticodon-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.51.1 — Class II aaRS ABD-related
家族 Family family	c.51.1.1 — Anticodon-binding domain of Class II aaRS

结构域编号 domain_id	d1adjd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamily	d.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family family	d.104.1.1 — Class II aminoacyl-tRNA synthetase (aaRS)-like, catalytic domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1adjA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	1adjA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Anticodon-binding domain

结构域编号 domain_id	1adjB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	1adjB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Anticodon-binding domain

结构域编号 domain_id	1adjC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	1adjC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Anticodon-binding domain

结构域编号 domain_id	1adjD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	1adjD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Anticodon-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	171.300 Å
晶胞边长 b length_b	214.700 Å
晶胞边长 c length_c	49.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2170
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2770

fit	/app/data/saxs_computation/ad/1adj/1adj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ad/1adj/1adj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ad/1adj/1adj.dat