SAXSdb — 1ahs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AFRICAN HORSE SICKNESS VIRUS (SEROTYPE 4) VP7

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 126–251 链 B； UniProt 126–251 链 C； UniProt 126–251	片段：TOP DOMAIN FRAGMENT	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP7_AHSV4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–126； UniProt 126–251 作者链 B； PDB构建体 1–126； UniProt 126–251 作者链 C； PDB构建体 1–126； UniProt 126–251

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ahs
沉积日期 deposition_date	1996-03-18
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE TOP DOMAIN OF AFRICAN HORSE SICKNESS VIRUS VP7
关键词 keywords	CORE PROTEIN, GLYCOPROTEIN, COAT PROTEIN (VIRAL), Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.94 Å
零角强度 I(0) i0	28034200.00
分子量 molecular_weight	40252.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50195 Å³
包络体积 envelope_volume	59305 Å³
水化壳体积 shell_volume	24135 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.6 Å
壳层 Rg shell_rg	27.08 Å
包络 Rg envelope_rg	20.07 Å
形状 Rg shape_rg	19.92 Å
总 Rg total_rg	20.88 Å
总原子数 total_atoms	2841
残基数 n_residues	378
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.1 Å
Rg (实空间) rg_real	20.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28030000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6451
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.069
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.553
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6786000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.177; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1ahsa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1ahsb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1ahsc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1ahsA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1ahsB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1ahsC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	157.200 Å
晶胞边长 b length_b	157.200 Å
晶胞边长 c length_c	57.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	—

描述 description	AFRICAN HORSE SICKNESS VIRUS (SEROTYPE 4) VP7
分子量 formula_weight	13443.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	2902

CRYSTAL STRUCTURE OF THE TOP DOMAIN OF AFRICAN HORSE SICKNESS VIRUS VP7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AFRICAN HORSE SICKNESS VIRUS (SEROTYPE 4) VP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	61

fit	/app/data/saxs_computation/ah/1ahs/1ahs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ah/1ahs/1ahs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ah/1ahs/1ahs.dat