SAXSdb — 1aik

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 GP41 GLYCOPROTEIN

HIV-1 M:B_HXB2R

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENV_HV1H2
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 2–37； UniProt 544–579 作者链 C； PDB构建体 2–35； UniProt 623–656

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1aik
沉积日期 deposition_date	1997-04-20
结构标题 title	HIV GP41 CORE STRUCTURE
关键词 keywords	HIV, GP41, ENVELOPE GLYCOPROTEIN, RETROVIRUS, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1aik__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1aik__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1aik__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.07 Å
Rg（电子密度）	18.26 Å
总 Rg	19.22 Å
原子数	2205
残基数	210
排除体积	31492 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1aik__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HIV-1 GP41 GLYCOPROTEIN
分子量 formula_weight	4152.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N
原子数 atom_count	864

XSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARIL

来源 Source

来源生物 organism	HIV-1 M:B_HXB2R
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11706
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HIV-1 GP41 GLYCOPROTEIN
分子量 formula_weight	4277.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

XWMEWDREINNYTSLIHSLIEESQNQQEKNEQELL

来源 Source

来源生物 organism	HIV-1 M:B_HXB2R
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11706
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	43

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1aik.1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamily	h.3.2 — Virus ectodomain
家族 Family family	h.3.2.1 — Virus ectodomain

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晶胞边长 a length_a	49.500 Å
晶胞边长 b length_b	49.500 Å
晶胞边长 c length_c	55.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	12.000 Å
R 因子 r_factor	0.2380
R_work r_work	0.2380
R_free r_free	0.2660

HIV GP41 CORE STRUCTURE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 GP41 GLYCOPROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1aik__assembly_1__model_1

1aik__assembly_1__model_1 | I(q)

1aik__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

HIV GP41 CORE STRUCTURE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 GP41 GLYCOPROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1aik__assembly_1__model_1

1aik__assembly_1__model_1 | I(q)

1aik__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

7. 引用文献 (1)