1aka

STRUCTURAL BASIS FOR THE CATALYTIC ACTIVITY OF ASPARTATE AMINOTRANSFERASE K258H LACKING ITS PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE-BINDING LYSINE RESIDUE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 100.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ASPARTATE AMINOTRANSFERASE

Gallus gallus

UniProt P00508

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–423 链 B; UniProt 23–423 突变:K272H PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AATM_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–401; UniProt 23–423 作者链 B; PDB构建体 1–401; UniProt 23–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1aka

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1aka
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1aka
沉积日期 deposition_date1994-02-28
结构标题 titleSTRUCTURAL BASIS FOR THE CATALYTIC ACTIVITY OF ASPARTATE AMINOTRANSFERASE K258H LACKING ITS PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE-BINDING LYSINE RESIDUE
关键词 keywordsTRANSFERASE(AMINOTRANSFERASE); TRANSFERASE(AMINOTRANSFERASE)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.43
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.52
零角强度 I(0) i0130870000.00
分子量 molecular_weight90239.0 kDa
排除体积 excluded_volume112810 ų
包络体积 envelope_volume135100 ų
水化壳体积 shell_volume39065 ų
包络直径 envelope_diameter103.1
壳层 Rg shell_rg36.27
包络 Rg envelope_rg28.62
形状 Rg shape_rg28.51
总 Rg total_rg29.25
总原子数 total_atoms6345
残基数 n_residues802
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.0
Rg (实空间) rg_real29.41
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80
I(0) (实空间) i0_real1.3090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.42
I(0) (倒空间) i0_reciprocal130900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8766
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.2
偏度 Skewness skewness0.365
峰度 Kurtosis kurtosis-0.217
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha55260000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.968

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1akaa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family familyc.67.1.1 — AAT-like
结构域编号 domain_idd1akab_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family familyc.67.1.1 — AAT-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1akaA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
结构域编号 domain_id1akaA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
结构域编号 domain_id1akaB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
结构域编号 domain_id1akaB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)