SAXSdb — 1ama

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ASPARTATE AMINOTRANSFERASE

Gallus gallus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–423	未记录	PLA 2-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-2-METHYL-SUCCINIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1AMA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AKA STRUCTURAL BASIS FOR THE CATALYTIC ACTIVITY OF ASPARTATE AMINOTRANSFERASE K258H LACKING ITS PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE-BINDING LYSINE RESIDUE 提交 1994-02-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–423（401 aa）链 B 23–423（401 aa）	突变：K272H 突变：K272H	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1AKB STRUCTURAL BASIS FOR THE CATALYTIC ACTIVITY OF ASPARTATE AMINOTRANSFERASE K258H LACKING ITS PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE-BINDING LYSINE RESIDUE 提交 1994-02-28	突变/修饰不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–423（401 aa）	突变：K250H	PPD 2-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYLENE)-AMINO]-SUCCINIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1AKC Structural basis for the catalytic activity of aspartate aminotransferase K258H lacking its pyridoxal-5'-phosphate-binding lysine residue 提交 1994-02-28	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–423（401 aa）	未记录	PPE 4-[(1,3-DICARBOXY-PROPYLAMINO)-METHYL]-3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDINIUM × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1IVR STRUCTURE OF ASPARTATE AMINOTRANSFERASE 提交 1996-10-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–423（401 aa）	未记录	CBA N-PYRIDOXYL-2,3-DIHYDROXYASPARTIC ACID-5-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1MAP CRYSTAL STRUCTURES OF TRUE ENZYMATIC REACTION INTERMEDIATES: ASPARTATE AND GLUTAMATE KETIMINES IN ASPARTATE AMINOTRANSFERASE 提交 1993-09-10	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–423（401 aa）	未记录	KET 2-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYLENE)-AMINO]-SUCCINIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1MAQ CRYSTAL STRUCTURES OF TRUE ENZYMATIC REACTION INTERMEDIATES: ASPARTATE AND GLUTAMATE KETIMINES IN ASPARTATE AMINOTRANSFERASE 提交 1993-09-10	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–423（401 aa）	未记录	PGU N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)-L-glutamic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1OXO ASPARTATE AMINOTRANSFERASE, H-ASP COMPLEX, OPEN CONFORMATION 提交 1995-12-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–423（401 aa）链 B 23–423（401 aa）	未记录	IK2 4'-DEOXY-4'-ACETYLYAMINO-PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1OXP ASPARTATE AMINOTRANSFERASE, H-ASP COMPLEX, CLOSED CONFORMATION 提交 1995-12-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–423（401 aa）	未记录	IK2 4'-DEOXY-4'-ACETYLYAMINO-PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1TAR CRYSTALLINE MITOCHONDRIAL ASPARTATE AMINOTRANSFERASE EXISTS IN ONLY TWO CONFORMATIONS 提交 1993-10-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–423（401 aa）链 B 23–423（401 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1TAS CRYSTALLINE MITOCHONDRIAL ASPARTATE AMINOTRANSFERASE EXISTS IN ONLY TWO CONFORMATIONS 提交 1993-10-04	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–423（401 aa）链 B 23–423（401 aa）	未记录	PLA 2-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-2-METHYL-SUCCINIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1TAT CRYSTALLINE MITOCHONDRIAL ASPARTATE AMINOTRANSFERASE EXISTS IN ONLY TWO CONFORMATIONS 提交 1993-10-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–423（401 aa）链 B 23–423（401 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
7AAT X-RAY STRUCTURE REFINEMENT AND COMPARISON OF THREE FORMS OF MITOCHONDRIAL ASPARTATE AMINOTRANSFERASE 提交 1991-12-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–423（401 aa）链 B 23–423（401 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
8AAT X-RAY STRUCTURE REFINEMENT AND COMPARISON OF THREE FORMS OF MITOCHONDRIAL ASPARTATE AMINOTRANSFERASE 提交 1991-12-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–423（401 aa）链 B 23–423（401 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
9AAT X-RAY STRUCTURE REFINEMENT AND COMPARISON OF THREE FORMS OF MITOCHONDRIAL ASPARTATE AMINOTRANSFERASE 提交 1991-12-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–423（401 aa）链 B 23–423（401 aa）	未记录	PMP 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AATM_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–401； UniProt 23–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ama
沉积日期 deposition_date	1992-02-05
结构标题 title	DOMAIN CLOSURE IN MITOCHONDRIAL ASPARTATE AMINOTRANSFERASE
关键词 keywords	TRANSFERASE(AMINOTRANSFERASE); TRANSFERASE(AMINOTRANSFERASE)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.75 Å
零角强度 I(0) i0	34972000.00
分子量 molecular_weight	45319.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56693 Å³
包络体积 envelope_volume	67623 Å³
水化壳体积 shell_volume	25506 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.91 Å
包络 Rg envelope_rg	22.13 Å
形状 Rg shape_rg	21.73 Å
总 Rg total_rg	22.68 Å
总原子数 total_atoms	3186
残基数 n_residues	401
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.8 Å
Rg (实空间) rg_real	22.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34970000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9086
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.193
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.479
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7139000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.986

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ASPARTATE AMINOTRANSFERASE
分子量 formula_weight	44992.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.6.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3498

SSWWSHVEMGPPDPILGVTEAFKRDTNSKKMNLGVGAYRDDNGKPYVLNCVRKAEAMIAAKKMDKEYLPIAGLADFTRASAELALGENSEAFKSGRYVTVQGISGTGSLRVGANFLQRFFKFSRDVYLPKPSWGNHTPIFRDAGLQLQAYRYYDPKTCSLDFTGAMEDISKIPEKSIILLHACAHNPTGVDPRQEQWKELASVVKKRNLLAYFDMAYQGFASGDINRDAWALRHFIEQGIDVVLSQSYAKNMGLYGERAGAFTVICRDAEEAKRVESQLKILIRPMYSNPPMNGARIASLILNTPELRKEWLVEVKGMADRIISMRTQLVSNLKKEGSSHNWQHITDQIGMFCFTGLKPEQVERLTKEFSIYMTKDGRISVAGVASSNVGYLAHAIHQVTK

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	unidentified

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-[(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-2-METHYL-SUCCINIC ACID
分子量 formula_weight	378.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	312

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1amaa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.1 — AAT-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1amaA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	1amaA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	69.700 Å
晶胞边长 b length_b	91.400 Å
晶胞边长 c length_c	128.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1590
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/am/1ama/1ama.fit
pddf	/app/data/pr_computation/am/1ama/1ama.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/am/1ama/1ama.dat

DOMAIN CLOSURE IN MITOCHONDRIAL ASPARTATE AMINOTRANSFERASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ASPARTATE AMINOTRANSFERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution