SAXSdb — 1amy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1,4-ALPHA-D-GLUCAN GLUCANOHYDROLASE

Hordeum vulgare

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–427	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1AMY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AVA AMY2/BASI PROTEIN-PROTEIN COMPLEX FROM BARLEY SEED 提交 1997-09-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–427（403 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.7	分辨率 1.90 Å R-free 0.269
1AVA AMY2/BASI PROTEIN-PROTEIN COMPLEX FROM BARLEY SEED 提交 1997-09-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 25–427（403 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.7	分辨率 1.90 Å R-free 0.269
1BG9 BARLEY ALPHA-AMYLASE WITH SUBSTRATE ANALOGUE ACARBOSE 提交 1998-06-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–427（403 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 AF1 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4S,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.7	分辨率 2.80 Å R-free 0.249

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMY2_HORVU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–403； UniProt 25–427

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1amy
沉积日期 deposition_date	1994-03-10
结构标题 title	CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF BARLEY ALPHA-AMYLASE
关键词 keywords	HYDROLASE (O-GLYCOSYL); HYDROLASE (O-GLYCOSYL)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.81 Å
零角强度 I(0) i0	33645400.00
分子量 molecular_weight	45039.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56297 Å³
包络体积 envelope_volume	62390 Å³
水化壳体积 shell_volume	24084 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.1 Å
壳层 Rg shell_rg	28.72 Å
包络 Rg envelope_rg	22.06 Å
形状 Rg shape_rg	21.76 Å
总 Rg total_rg	22.75 Å
总原子数 total_atoms	3187
残基数 n_residues	403
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.8 Å
Rg (实空间) rg_real	22.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33650000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8684
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.390
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.178
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7076000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.769; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	1,4-ALPHA-D-GLUCAN GLUCANOHYDROLASE
分子量 formula_weight	44986.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3339

QVLFQGFNWESWKHNGGWYNFLMGKVDDIAAAGITHVWLPPASQSVAEQGYMPGRLYDLDASKYGNKAQLKSLIGALHGKGVKAIADIVINHRTAEHKDGRGIYCIFEGGTPDARLDWGPHMICRDDRPYADGTGNPDTGADFGAAPDIDHLNLRVQKELVEWLNWLKADIGFDGWRFDFAKGYSADVAKIYIDRSEPSFAVAEIWTSLAYGGDGKPNLNQDQHRQELVNWVDKVGGKGPATTFDFTTKGILNVAVEGELWRLRGTDGKAPGMIGWWPAKAVTFVDNHDTGSTQHMWPFPSDRVMQGYAYILTHPGTPCIFYDHFFDWGLKEEIDRLVSVRTRHGIHNESKLQIIEADADLYLAEIDGKVIVKLGPRYDVGNLIPGGFKVAAHGNDYAVWEKI

来源 Source

来源生物 organism	Hordeum vulgare
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4513

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	152

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1amya1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.1 — alpha-Amylases, C-terminal beta-sheet domain

结构域编号 domain_id	d1amya2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1amyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1amyA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	135.200 Å
晶胞边长 b length_b	135.200 Å
晶胞边长 c length_c	79.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1530
R_work r_work	0.1530
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/am/1amy/1amy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/am/1amy/1amy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/am/1amy/1amy.dat

CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF BARLEY ALPHA-AMYLASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1,4-ALPHA-D-GLUCAN GLUCANOHYDROLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution